第1話「消えたブース」（原題：The Loyalty in the Lie）
あらすじ&ネタバレ
FBIを去ったブース、さらにブレナンもジェファソニアンを離れ新たな生活を始めていた。
ジェファソニアンチームはいつもどおり事件の捜査に参加するが、発見された焼死体の特徴や、遺体のそばで見つかった銃の製造番号から、見つかった遺体はどうやらブースのものらしかった。
知らせを受けたブレナンは信じられない、といった様子だが現場で彼の銃が見つかった事を告げ、ブースのガンケースを調べてみると、銃が持ち出されていた。ガンケースにはブースが外したとみられる結婚指輪がしまわれていた。それでもブースが死んだとは信じられないブレナンはジェファソニアンにやってきて自ら遺体を調べることにする。ブレナンはブースの骨にあるはずの傷がないことを突き止め、遺体がブースでないことをつきとめるが、そのいっぽうで遺体がブースだと断定したアラストを激しく責める。
FBIではオーブリーとジュリアン検事が主導しブースの足取りを捜査する。そこへFBIの内部調査勘・ミラーが現れる。遺体がブースでなかった以上、ブースはその遺体を殺した容疑者として捜査されることになったのだ。
ブレナンとアラストは遺体の骨格がブースに似ていること、また骨に残された虐待の痕がブースと酷似していることから、遺体の正体がブースの兄弟・ジャレッドだということが判明する。さらにアンジェラはジャレッドが毎週大量の携帯電話を購入していたことから、複数名で何かを企てていたのだと推測する。ホッチンズが遺体から発見した証拠を元にある豪邸が怪しいと睨みを着けたFBIは現場に急行、そこで複数の遺体を発見する。遺体の主たちはどうやら豪邸に強盗に入ったらしかったが、ミラーはブースもその一味だったのではないか？と疑う。
いっぽうでジュリアン検事補はミラーの相棒も、ブースと同じく行方不明になっているらしいことをつきとめる。
そのころブースは負傷しつつ、怪しい男たちと行動を共にしていた。大量の銃と現金を手にして。。。
見どころ：
ミラー役にはドラマ「24」シリーズや「グレイズ・アナトミー」などに出演していたキム・レイヴァー（Kim Raver）が客演。
第2話「生還を信じて」（原題：The Brother in the Basement）
あらすじ&ネタバレ
ブースはジャレッドの同僚だったオドネルらと手を組み何かを企てていた。その計画の最中、命を落としたジャレッドはブースの手によって、計画の証拠とともに焼き払われる。ブースは負傷した体をおして、計画の目的らしい「取引」に臨もうとする。
オーブリーとブレナンは、ミラーの相棒・リチャードがFBIの潜入捜査官リストを持って失踪したことをしり、ミラーを問い詰める。
ミラーは悪びれもせずそのことを語り、ジェファソニアンが捜査に加わることに難色を示す。「（ブレナンが辞めてから）ジェファソニアンの技術はNo.1ではなくなった」と揶揄されるとブレナンは「それなら復帰するわ」と、復職することを決める。
ジェファソニアンにはミラーから推薦されたベンジャミン・メッツ博士が応援にやってくる。
リチャードの家を捜索したブレナンは冷蔵庫の中から、切断されたリチャードの妻の指を見つける。オーブリーとジュリアンは、リチャードは妻を人質に取られ仕方なく潜入捜査官リストを持ち出したのだと推測。それを知ったブースはリスト購入者を捕まえるために、売り手のグループに潜入したのだと推測する。
捜査をすすめるとリチャードとその妻の遺体が発見されるが、ミラーがリチャードと不倫していたことが判明し、オーブリーはミラーの関与を疑う。
しかし、ブレナンがみつけた新たな証拠から、リチャード夫妻を殺したのはベンジャミン・メッツであることが明らかになる。
いっぽう負傷しながらも潜入捜査中のブースだが、取引相手がブースのことを潜入捜査官だと見破り始末されそうになってしまう。ブースは負傷した体をおして応戦、ベンジャミンの自白を受けて潜伏先に駆けつけたオーブリーとブレナンによって無事保護される。
ブレナンはジェファソニアンへ戻ることをブースに伝え、ブースにもFBIに復職することを勧めるのだが。。。
見どころ：
カムとアラストは結婚間近だったが、ブレナンの復帰を気にアラストはジェファソニアンを去る決意をしてしまう。
第3話「ドナーになった男」（原題：The Donor in the Drink）
あらすじ&ネタバレ
ブースはFBIに、ブレナンはジェファソニアンへ復帰することとなる。
ジェファソニアンには山奥の養殖場で発見された遺体が運ばれてくる。遺体は養殖場の魚たちによって食い荒らされてしまっていた。アンジェラの調査の結果、被害者はロイド・ネズミッドという発明家だったことが判明する。
魚に食い荒らされた遺体からは事前にいくつかの臓器が抜き取られていたことが判明する。そこから臓器売買の線を疑う一行、オーブリーは臓器売買を扱う闇サイトからバイヤーに接触する。ロイドから摘出された臓器はある少女へと移植されていたが、オーブリーは少女の父親が怪しいと睨むが、父親は身体の弱い娘にふたたび臓器移植が必要かもしれない、と考え違法手術を執刀した医者を明かそうとはしなかった。
カムは遺体に残された傷の特殊性から、臓器摘出を行ったのが医者ではなく葬儀屋ではないかと推測。ブースとブレナンは捜査線上にあがった葬儀屋にやってきて葬式に参加するが、ブレナンが個人の服をはぎとると腹には大穴が開けられ臓器が抜き取られていた。
葬儀屋の証言からロイドは「交通事故で死んだ」と聞かされるが、その実、待遇に不満を持ったロイドの部下・ティムが彼を殺し、「交通事故被害者」と嘘をついて臓器を闇業者に売り払ったのだった。
見どころ：
アンジェラの写真趣味を甚く気に入ったホッチンズは勝手に彼女の個展を開くが、世界的な写真家セバスチャン・コールが彼女の作品を気に入り、アンジェラ大興奮。
準レギュラーのウェンデル（マイケル・グラント・テリー/Michael Grant Terry）が本シーズン初登場。
ティム役にはドラマ「CSI」シリーズでデヴィッド・フィリップス役を長年演じていたデヴィッド・バーマン（David Berman）が客演。
第4話「殺しのタッチダウン」（原題：The Carpals in the Coy-Wolves）
あらすじ&ネタバレ
山中で獣に食い荒らされた遺体が発見される。
第一発見者の猟師が驚いたあまり遺体の頭部を銃で吹き飛ばしてしまったため、アンジェラは顔の復元に難航するが、ジェファソニアンに応援に呼ばれたベス・メイヤー博士の助力によって、被害者が判明。
被害者は「オンラインのフットボールゲーム」に興じていたことが明らかになる。
メイヤーはブレナンが過去に捜査にあたり未解決のままの事件の再調査を始める。それを知ったブレナンはひそかにメイヤーに対抗心を抱く。
ホッチンズはウェルズと証拠探しにでかけるが、動物対策のために持ってきた麻酔銃が暴発しホッチンズが撃たれてしまう。命に別状はないが麻酔の効果でフラフラになるホッチンズ。
ブースとオーブリーはフットボールゲームの仲間内で被害者と揉めた人物を犯人として特定する。
ゲームのことで揉めた犯人は被害者を殺した後、食用のハムを遺体に巻きつけ、山中に遺棄。動物たちが食い荒らすように仕向けて遺体隠滅を図ったのだった。
事件が解決するとホッチンズは麻酔銃の仕返しにウェルズにも、麻酔銃を浴びせるのだった。
ブレナンはメイヤーに嫉妬心を燃やしたことを後悔し謝罪する。ブレナンはブースとの関係の悩みをメイヤーに吐露するが、メイヤーは先人のアドバイスを告げブレナンを励ます。
見どころ：
ブレナンは著書「骨と語る女」の新刊で、ブースをモデルにした登場キャラクター・アンディ捜査官が殉職する筋書きを執筆。それを知ったブースは不服そう。しかしメイヤーのアドバイスでなんとか仲直りするのだった。
ブレナンの助手のひとり・ウェルズはインポテンツであることをホッチンズに相談する。
メイヤー役には名女優 ベディ・ホワイト（Betty White）が客演。彼女は同役で最終シーズンにも出演しています。
第5話「蘇った死体」（原題：The Resurrection in the Remains）
あらすじ&ネタバレ
ハロウィンシーズンに教会の床下から女性の腐乱死体が発見される。さらに、そのそばからは18世紀に埋葬された首なし遺体が収められた棺が発見される。
女性の遺体の方は行方不明になったばかりの医学生だったことが判明。首無遺体はイギリス軍の将校だったことが判明する。
遺体の調査をしていたジェファソニアンにはFBIからアビー・ミルズ捜査官とイカボット・クレーンがやってくる。ふたりは田舎の集落で起きている「スリーピー・ホロウ」事件について調査するために首無遺体を引き取りたいと申し出る。
捜査の結果、被害者女性は臨死体験をさせるためにクリスチャンである知人の「心臓をとめ、蘇生させる」ことをしたが、臨死体験を終えた知人は「死後の世界」を感じることができなかったことから絶望してしまう。知人は クリスチャンとしての「信仰心を奪われた」ことから被害者を殺すに至ったのだという。
いっぽうで、イカボットは自分たちの捜査のため首無遺体の引取を要請、遺体に関する歴史的な資料を漁る。ジェファソニアンに保管されていた資料からその遺体の埋葬権について記された文献が見つかるが、何百年も前に書かれたはずのその資料からは、イカボット本人とまったく同じ筆跡の文章が発見される。
ブレナンは、イカボットが「何百年も生きている？」「それとも現代に蘇った？」と非現実的な想いを巡らせるが、考えあぐねても結局結論が出ることはなかった。イカボットの要請どおり首無遺体はアビーたちに引き渡されることになる。
見どころ：
人気ドラマ「スリーピー・ホロウ」とのコラボした2話完結のクロスオーバー・エピソード。科学捜査作品とオカルト作品のコラボレーションという異色のタッグ。本作の後編は「スリーピー・ホロウ」シーズン3の第5話「彷徨う死体」に続くカタチとなっています。
偏屈なイカボットの言動にブレナンが圧倒されるシーンも。シリーズ初期のブレナンを彷彿とさせる。
「スリーピー・ホロウ」からはイカボット役のトム・マイソン（Tom Mison）とアビー役のニコール・ベハーリー（Nicole Beharie）がカメオ出演。
第6話「清掃車の中の上院議員」（原題：The Senator in the Street Sweeper）
あらすじ&ネタバレ
清掃車が路上に転がっていた上院議員リック・オマリーの遺体を粉砕してしまい、ジェファソニアンが調査を依頼される。
ブースとオーブリーが遺族に調査すると、被害者は院内幹事と不倫関係にあったことがわかる。それをもとにブレナンとブースは件の不倫相手を問い詰めるが、殺害当夜に被害者が有権者とトラブルになったことが判明する。
ジュリアンはトラブルを起こした有権者が過去にも問題を起こし尋問をおこなったことのある要注意人物・フランキーであることに気づく。しかし彼にはアリバイがあった。
いっぽうでジュリアン検事は、事件の調査助手を務めるスクインツ（研修生）のジェシカの素性を訝しむ。過去に学生運動やドラッグ使用歴があったジェシカが事件の捜査にふさわしいかを問われ、彼女とイイ仲になりつつあったオーブリーは彼女の素性を調査することに。オーブリーは彼女の過去の不審点を訝しむが、ジェシカは過去にとらわれることを嫌い、オーブリーに今の自分を見て欲しい、と伝える。
事件のほうは捜査の末、オマリーには別の不倫相手がいたことが判明し、ブレナンとブースはその女性を調査しに行くが、その女性は不倫相手ではなくオマリーの隠し子だったことが判明する。オーブリーとジュリアンは、オマリーの妻、院内幹事、隠し子の３人を容疑者に絞り込み、その誰かの犯行であると睨んだが、犯人は意外な人物だった…。
真犯人はオマリー議員の助手の男。オマリー本人だけではなく、実は彼の妻も助手の男と不倫しており、男はオマリーの妻と一緒になることを望み犯行に及んだのだった。
見どころ：
スクインツのジェシカが本シーズン初登場。オーブリーといい関係に…？
ジェシカを演じているのはコメディ「ビッグバン★セオリー」などで知られるローラ・スペンサー（Laura Spencer ）。
