第1話「狂気の街」あらすじ
原題は “Mad City: Better to Reign in Hell”
ゴードンは姿を消した恋人・レスリーを探すが、彼女は新たな土地で新たな相手と生活を築いていた。
それを知ったゴードンはショックを受けながらも、そっと身を引く。
半年後、ゴッサムに戻ってきたゴードンは、ストレンジの研究施設・インディアンヒルから逃げ出した怪物たちを捕らえる賞金稼ぎとなっていた。。。
ゴッサム市警では記者たちに向けて怪物の捜索状況が発表される。バーンズ局長がコメントをする中、女性記者 バレリー・ベイルは市警が怪物逮捕に賞金稼ぎ（ゴードンのこと）を使っていることに言及、市警には荷が重いのか？と問い詰める。
同席したゴッサム市長・ジェームスは怪物たちもストレンジの被害者だ、と人道的なコメントをするもベイルは「そもそもアーカムに収監されていた囚人でしょ？」とツッコミを入れる。
元相棒・ハーヴィはゴードンにレスリーとの破局を励まし警察に戻るように勧めるが、ゴードンは警察に戻る意思がないことを告げる。
そこへやってきたのはルーシャス・フォックス。
ウェイン産業で働いていたルーシャスだが、ウェイン産業内部の腐敗をしり（シーズン2参照）ゴッサム市警の科学捜査部門（ニグマの後釜）に転職していた。
ルーシャスは逃亡する怪物が薬局を襲って、免疫抑制剤を集めていることをつきとめる。
ハーヴィはゴードンとコンビを組んで捜査をしたがるが、ゴードンはその申し出を断り独りで捜査をすすめることに。
歯切れの悪いバーンズとジェームズの発表に苛立つベイルと記者たち。すると市警にペンギンとブッチが現れる。
ペンギンは怪物達を先導するリーダーがいる、と語りその人物が「フィッシュ・ムーニー」であると記者たちの前で明かす。フィッシュが怪物に変貌し、ゴッサムに危険をもたらすと警告。「フィッシュを捕まえろ」と大々的に発表する。
再起したバーバラとタビサはクラブの経営者になっていた。
ペンギンは二人に自分の傘下につくよう打診、フィッシュを探していることも告げる。
タビサに執心していたブッチは彼女との再会に傷心。ペンギンはギャラバン兄妹に母親を殺されたことも忘れておらず、「タビサのことは早く忘れろ」と促す。
店にやってきていたキャットはブッチを励ますふりをして彼の財布を盗む。そでに気づいたブッチは悶絶…。
財布を盗んだキャットは孤児仲間のアイヴィと合流。
盗んだ財布から金を抜き出し、路上にいた浮浪者に恵んでやる。その浮浪者の顔は…ブルースと瓜二つ。
シーズン2のラストで、怪物たちと共にインディアンヒルから逃げ出した少年だった。。。
ゴッサムを離れて旅に出ていたブルースとアルフレッドは、ゴッサムに帰ってくる。
ふたりはウェイン産業の重役会を招集、ウェイン産業の傘下であったインディアンヒルの不正な実験について問題視。
ストレンジの単独犯行ではなく彼を操っていた「闇の組織」の存在を明かす。すると重役たちは鼻で笑いブルースを嘲笑するが、それをアルフレッドが一喝。ブルースは「証拠を掴んだ」として、重役会内部にも組織のメンバーが潜んでいる、と続ける。
「（その人物と）話がしたい、連絡をください」として、件の人物に24時間の猶予をあたえるブルース。
ブルースの発表を受けて、件の人物は組織のトップに報告。
その報告を受けた組織の人物らしき「白髪の女性」は「ブルースを静かに実行しない（始末しなさい）」と命令を下す。
ベイルはゴードンに接触を図る。
彼女はゴードンが何かを知っていると考え情報を引き出そうとするがゴードンは彼女をやっかいばらい。
去り際に彼女は、ペンギンがフィッシュに多額の報奨金を賭けたことを告げる。賞金稼ぎであるゴードンの目つきが変わる。
アーカムでは収監されたままのニグマの元へ、ペンギンが面会にやってくる。
シーズン2で失意の底にあったペンギンの再起に関わったニグマ、ペンギンは彼に恩義を感じていた。事あるごとにニグマに差し入れを届けていた。
ペンギンは、フィッシュが自分を殺さずに見逃したことを不可解に感じていたが、ニグマは「忘れるな、ペンギンは魚（フィッシュ）を喰うんだ」と象徴的なアドバイスを告げる。
そのころ怪物たちを部下に従えたフィッシュ・ムーニーは薬品会社フレー製薬の倉庫に押し入る。フィッシュに取り入ったキャットの姿もあった。
何かを探しにやってきた様子のフィッシュ。
警備員に見つかるもフィッシュは他人を操作する能力を駆使し難を逃れる。それを見たキャットは「すごいね」と興奮。しかし能力を使った直後フィッシュは体調を崩す。
ルーシャスからの情報を元にフレー製薬の工場にやってきたゴードン。
フィッシュと対峙する。警戒したゴードンはフィッシュには近づかなかったため彼女も能力を使えない。その代わりに連れていた部下がゴードンを攻撃し、その隙きにフィッシュは逃げてしまった。。。
バーバラの店にはチンピラがやってくる。
未だ、バーバラがペンギンの傘下に下っていないことを知ったチンピラは自分たちの縄張りで商売を始めたバーバラを追い出そうとする。
脅されたバーバラは怯えた演技をしてみせるが、タビサと一緒になってチンピラたちを殺し、高笑いをしてみせる。
チンピラとの仲裁にやってきたペンギンは、他者の縄張りで仕事をしたバーバラ達を叱責するが、彼女たちは取り合おうとしない。
さらに、タビサは「チンピラを送り込んだのはブッチ、脅しに屈したバーバラがペンギンの傘下に入ればブッチの手柄になるからだ」と指摘。その実、そのとおりだった。
呆れた様子のペンギンはチンピラを撃ち殺し、事を収める。
「タビサを生かしておくのはブッチがいるからだ（ブッチにまだ未練があるから）」と付け加え、バーバラの店を後にする。
キャットはベイルにある情報を売る。
ベイルはその情報をゴードンに教え、それと引き換えにハーヴィ経由で警察の情報を流してくれ、と打診。
ゴードンはその提案に乗ることにする。
ゴードンは情報を元にとあるアパートにやってくる。
そこにはストレンジ教授の助手を務めていたピーボディがいた。彼女は逮捕された後にストレンジの悪事を証言する代わりに免責となっていた。
ゴードンはフィッシュの居所は掴んでいなかったが、彼女が思うように薬を手に入れられなければ、研究の助手だったピーボディを頼るだろうと考えた。
免責されたピーボディの居場所は警察しかしらなかったが、彼女に会いに来る人間がいれば、フィッシュはそいつの後を（つまりゴードンの後をおうだろう）追うだろう、と踏んだ。
ゴードンの読み通り、フィッシュの部下たちがピーボディの部屋を襲撃。彼女はさらわれてしまう。
ゴードンは倉庫で殴りかかってきたフィッシュの部下と応戦。窓から飛び出して逃げようとしたその人物にはコウモリのような羽が生えていた。
ブルースはキャットに会いに来るが、何も告げずに街を離れたブルースにキャットは怒っていた。
二人の会話を遠くからひっそりと眺める人影…ブルースと同じ顔を持ったあの少年だった。。。
アイヴィーは、キャットがフィッシュの傘下で働くことに嫉妬。自分も取り入りたいと申し出るが、キャットは「年下のアイヴィには危険だ」とそれを止める。
ふてくされたアイヴィー、そこへ例の少年が話しかける。
アイヴィーは少年の姿を見て「ブルースが小汚い格好をしている」と勘違いする。
少年はキャットと話していた人物の名前が「ブルース・ウェイン」だということを知り「彼は一体だれなんだ？」とアイヴィを問いただすが、少年の言動のおかしさを感じたアイヴィーは逃げてしまう。
ゴードンの失態でピーボイディがさらわれたことでバーンズ局長は憤慨。
ゴードンと利用されたハーヴィを叱責する。ハーヴィは利用されたことからゴードンと距離を置こうとする。
連れ去られたピーボディはフィッシに尋問される。
インディアンヒルの被験者たちは各々の能力を使うたびに移植された細胞が活性化し、拒否反応に苦しんでいた。
フィッシュはそれを解決する方法をピーボディに聞き出そうとする。彼女は「能力を使わなければ回復する」と明かすが、フィッシュは「いまの自分が気に入っている」として他の方法を提示するよう要求。「ストレンジなら何とかできるかもしれない」と明かすが、逮捕されたストレンジの居場所は警察しか知らなかった。。。
フィッシュは同じような怪物たちを集めて軍隊を作る、と宣言。
用済みになったピーボディは、怪物のひとり・マーヴの能力によって、若さを吸収されミイラのようになって死んでしまう。
その様子をみていたキャットは怯える。
さらにキャットの後をつけてきていたアイヴィがフィッシュの部下に囚われてしまう。「スパイは好きじゃないわね」と威嚇するフィッシュ。
キャットは疑いを晴らそうとするが、反発し威嚇するアイヴィー。
その様子に腹を立てたフィッシュは、ふたたびマーヴの能力でアイヴィーを始末しようとする。
アイヴィーは逃げ出し、部下が彼女を追う、さらにその後をキャットが後を追う。
逃げる途中、アイヴィーは下水道の濁流に落ち姿を消してしまう。キャットはショックを受けるが。。。
その夜、ウェイン邸には闇の組織の刺客がやってくる。
アルフレッドが応戦するも、敗れ失神。ブルースは気絶させられ、刺客に連れ去られてしまうのだった。。。
