第13話「謎の狙撃手」（原題：One Shot, One Kill）
あらすじ&ネタバレ
海兵隊新兵募集センターのリクルーターがオフィスで狙撃を受け射殺される。
壁を突き抜けて隣のおもちゃ屋まで飛んでいった銃弾を探しにトニーとケイトが向かう。おもちゃ屋の人形の中から銃弾が発見され、弾道検査の結果、オフィスの遠方からライフルで狙撃されたらしいことが判明する。
殺されたリクルーターはスカウトの際に調子のいい謳い文句を並べて、半ば騙して新兵徴兵を行っていたことが明らかになる。そのせいで恨まれて殺されたのでは？と推測するギブス。
被害者に騙され入隊した兵士を尋問するギブスだが、その最中、再びリクルーターを狙った狙撃事件が起きる。
捜査に乗り出すNCISだが現場にはFBIがやってきて捜査権を奪われてしまう。フォーネルから「NCISは遺体を盗む」（第1話参照）と聴いていたFBI捜査官たちは皮肉を漏らす。
ギブスはこっそりと現場から銃弾を回収、アビーの鑑識によって2つの事件が同じ犯人によるものだと判明する。
尋問中に事件が起こったことから別の犯人を探すギブス達。ケイトはプロファイリングから精神異常から入隊を拒否された者の犯行だと目星をつける。犯人がリクルーターを狙うことを利用しようとしたギブスは、自らリクルーターに扮し犯人をおびき出そうと考える。
軍服に身を包んだギブスとケイトは海兵隊新兵募集センターで犯人が現れるのを待つ。
ギブスの読み通り、犯人はオフィスのギブスに向けて発砲してくるが防弾ガラスが銃弾を食い止める。弾道から犯人の場所を特定したアビー、トニーが犯人を追い詰めるが銃を向けられたトニーは犯人を射殺する。
見どころ：
軍服姿のギブスとケイトが登場！
おもちゃ屋の店員役にはドラマ「BONES」のホッチンズ役で知られるT・J・サイン（T.J. Thyne）が客演。本作でもホッチンズと同じく陰謀論者的なセリフが飛び出している。
第14話「鉄壁のアリバイ」（原題：The Good Samaritan）
あらすじ&ネタバレ
道脇で海軍少佐の遺体が発見される。全裸で両手を縛られ、乗っていたらしい車はパンクしていた。
NCISが捜査に向かうが、現地の女性保安官・チャーリーはギブスのことが気に入ったらしく猛アピール。ギブスも気圧されてしまい、トニーはその様をみてニヤつく。
被害者の家を捜索すると、「お弁当箱」のコレクターだったことが判明する。
捜査を続けるなか、似た手口の事件が発生。被害者は海軍基地勤務だったことからコレが連続殺人であると疑いを深める。
ダッキーの検死からは銃弾に付着した「ゴム手袋用の粉末」が発見される。
依然、ギブスに猛アピールを続けるチャーリーは資料をとどけにわざわざNCIS本部まで足を運ぶ。食事デートを要求されるギブスはタジタジ。。。
そんななか、3件目の殺人が発生。被害者が泥沼の離婚調停中だったことから妻の犯行を疑う。しかし彼女は犯行時刻に別の場所の監視カメラにうつっており「鉄壁のアリバイ」があった。しかし、妻には婚前契約があり離婚すると大損するため動機あり。
ギブスはアリバイが捏造されたものではないか？と疑うのだが、妻は一向にしっぽをださない。
現場で発見された排尿跡から妻のDNAが検出される。妻は「何者かにはめられた」のだと訴える。しかし捜査を進めるなか、容疑者の妻には一覧性の双子姉妹がいることが発覚。双子は協力してお互いの夫を相互に殺し、アリバイをでっちあげたのだった。
事件が解決するとチャーリーはその手柄を独り占めする。ギブスに言い寄っていたのも事件を解決し手柄を得るためのポーズだったのだ。そうと知ったギブスは安堵の表情を浮かべ微笑む。
見どころ：
トニーはTV番組「私立探偵マグナム」のお弁当箱をみつけて大はしゃぎ。後続シーズンでも「私立探偵マグナム」ネタは度々登場する。
チャーリーの猛アピールに、珍しくたじろぐギブスが見もの。
第15話「過去の亡霊」（原題：Enigma）
あらすじ&ネタバレ
イラクで現金輸送していた軍用車が襲撃され、現金と将校が行方をくらませる。その商工の名はライアン、ギブスの従軍時の上官だった。
ライアンは現場から行方をくらませた跡、なぜか偽名を使ってアメリカ国内に入国する。FBIはライアンが自作自演で金を横領したと疑うが、NCISは事の真相を突き止めようと捜査を始める。
ライアンが祖国を裏切るはずがない、と信じてやまないギブス。そんな彼のもとにはライアンから送られたらしいスキットル（酒容器）が届く。
捜査を始めたギブスはライアンの別荘にやってくるが、そこで何者かの遺体が発見される。ライアンの犯行を疑う一行だが、ベッドの下に時限爆弾がセットされていることに気づき急いで逃げ出す一行。直後別荘は吹き飛んでしまう。
ライアンはギブスに電話してきて彼をバーに呼び出す。ライアンは「何者かによって金と命を狙われている」と訴え逃げていることを明かす。が、詳細は伝えずに再び姿をくらましてしまう。
FBIのフォーネルはギブスがライアンと密会したことを嗅ぎつけ情報を聞き出そうとするが、ギブスもライアンが何故追われているのか真相を知りたがる。フォーネルはライアンを追っていた部下が消息不明になったことを明かす、それこそがライアンの別荘で殺されていた人物だった。
ギブスはライアンが捜査官を殺していないことを証明し、彼を無事に保護するために捜査をはじめる。別荘に残されていたビデオテープから、ライアンは「キャメロン中尉」と呼ばれる人物と一緒にいるらしいことが判明する、そのキャメロンなる人物は従軍時に命を落としたギブスの同僚だというのだが。。。
ふたたびギブスの前に現れたライアンは精神に異常をきたし「死んだはずのキャメロンが生きていた」と思い込んでいた。キャメロンと共に政府の陰謀を探っているつもりらしいライアンは投降を拒否する。
ギブスがライアンと会っていることを察知したFBIはギブスのことを指名手配するが、アビーは監視カメラのデータを解析し、別荘で捜査官を殺したらしい人物 グレンジャーを特定する。
グレンジャーは従軍の見返りに金を横領しようとしたが、既に精神に異常をきたしていたライアンはそれがきっかけで、死んだキャメロンの幻覚を見ながら、ありもしない陰謀を暴こうと躍起になったのだった。ギブスはそれを見抜くとライアンを説得しようとする。「キャメロンなど存在しない」と訴えるギブス、するとライアンの視界から幻覚が消える。正気に戻ったライアンは自殺しようとするがギブスの必死の説得の甲斐あって自ら投降する。
精神治療を受けることになったライアンはひたすら「どうしてこんなことに…」と繰り返しつぶやくのだった。。。
見どころ：
ギブス独自の仕事上の”ルール”が登場。”ルール12″は「同僚と付き合うな」らしい。
今回のトニーの映画ウンチクは「パイレーツ・オブ・カリビアン」（2003年作）。
ライアン役にはドラマ「LOST」のジョン・ロック役で有名なテリー・オクィン（Terry O’Quinn）が客演。
第16話「悪夢の始まり」（原題：Bête Noire）
あらすじ&ネタバレ
ダッキーとジェラルドは海兵の検死をしようと運び込まれた死体袋を開くが、入っていたのは遺体ではなく銃を構えた生きた男 アリ・ハスワリだった。
アリはふたりを人質に検死室に立てこもる。「感染症の遺体を検死している」ことを示すランプを点灯させ、検死室に人を近づけないよう指示するアリ。逆らえばジェラルドを撃つ、と脅されダッキーは大人しく従うことに。
そのころギブスたちは射殺されたテロリスト・カサムのテロ計画について調べていたが、アリはNCISが回収したカサムに関する証拠品全てと遺体を渡すように要求する。ダッキーはアビーに証拠品を全て検死室に持ってくるよう指示を出すが、過去に悪夢を見て以来、検死室に近づけないトラウマを持つアビーはそれを拒み、代わりにケイトが証拠品を検死室へと持っていく。
ケイトは証拠品を持って検死室にやってくるがアリは彼女も人質に拘束してしまう。ダッキーはケイトのことを「アビー」と呼びアリを騙そうとしたのだが、それがバレてしまい、制裁としてジェラルドが肩を撃たれてしまう。
ダッキーが証拠品を要求したこと、ケイトが戻らないことからギブスは事態のおかしさに気づき、検死室への突入を準備。アリはギブスに「丸腰で検死室に来る」ように指示を出しギブスはそれに従う。
アリの狙いはカサムの所持品の中に含まれていたテロ用のウイルスだったが、それは既に疾病管理センターへと送られたあとだった。目的が達成できないと知ったアリはギブスに早撃ち勝負を挑み、被弾し倒れる。
ダッキーとケイト、ジェラルドは無事に保護されるが、ギブスが撃ち殺したはずのアリの遺体は、別人のものだった。アリは混乱に乗じて逃げたらしかった。
ケイトはアリに対し敵対心を露わにしていたが、アリには医療の知識と高い教養もあり、どこか彼に惹かれてしまう。トニーは彼女が「ストックホルム症候群」にかかりアリに惹かれているのだと諭すが。。。
アビーはギブスが心配なあまり、トラウマを忘れて検死室へと駆け込むが、それ以来トラウマは解消され、検死室へ行くことができるようになった。
第17話「隠された真実」（原題：The Truth Is Out There）
あらすじ&ネタバレ
とあるクラブの天井裏から海兵の遺体が発見される。
現場近くではブレーキ痕が発見され、被害者はどうやら車で惹かれた後に遺体を遺棄されたらしかった。被害者の自宅からは隠された大金が発見され、それが事件の動機だと推測するNCIS。
事件当夜、被害者と一緒にクラブに遊びに出た同僚の兵士たちを聴取するが、不自然なほど証言が一致するため、口裏を合わせていると疑うギブス。
聴取や聞き込みを重ねるが一向に解決の糸口がつかめない。前回アリを乗り逃したことにも憤りを覚えているギブスは現場を徹底捜索し、犯行時に何者かがカメラで撮影していたらしいことを突き止める。
ギブスは同僚の兵士たちを再尋問する。「撮影していたらしいこと」を突き止めたとカマをかけると兵士たちは犯行を供述する。兵士たちは被害者と一緒になり、いたずらのつもりで同僚のひとり・ウォンに宇宙人ドッキリ（宇宙人の格好をして目の前に現れる）を仕掛けた。が、そのドッキリの出来が高かったためにパニックに陥ったウォンは車で被害者を轢き殺してしまう。予想外の事態になった一同は遺体を隠蔽しようとしたのだった。
しかし事件はそれで終わらなかった。じつはウォンはそのドッキリのことを事前に知っており、わざとドッキリに引っかかったフリをして被害者をころしたのだった。被害者は親族から多額の遺産を相続していたが、それを知ったウォンは大金を手に入れるため、ドッキリを利用してわざと被害者を死に至らしめたのだった。。。
見どころ：
前回アリに撃たれたジェラルドはこの回以降、降板する。
第18話「逃亡者」（原題：UnSEALeD）
あらすじ&ネタバレ
軍刑務所から浮気妻を殺した罪で収監された、元特殊部隊員が脱獄する。
NCISは男の息子を保護している祖父母の家を訪ねる。男が息子のもとに現れると予想したギブスは、ケイトを泊まり込みの警戒に当たらせる。
その夜、ケイトは警戒中、スキをつかれてしまい予想通り姿を表した犯人の男に拘束されてしまう。男は息子に最後の別れを伝えに来ただけだといい、さらに自分の投獄された件も「無実だ」と訴える。事態の異常に気づいたマクギーは家の中に踏み込むが、男は逃げたあとだった。
ギブスは男の残した証言から、投獄理由となった事件が冤罪である可能性を示唆。男が事件の真犯人を追っているのだと推測する。
捜査の末、妻を殺したのは彼女と不倫関係にあった「女性」だということが判明する。その女性を殺しにやってきたところを、NCISが逮捕する。
見どころ：
マクギーが捜査に参加、今回はIT絡みだけでなく銃を持つマクギーの姿も。しかし、ギブスの取調べを邪魔してお叱りを受ける。
NCISの捜査官・パッチが登場、彼は次回19話への布石を残すのだが。。。
