第13話「人体パズルの謎」（原題：The Meat Puzzle）
あらすじ&ネタバレ
シーズン１から時折登場していた、ダッキー検死を担当している３体の「バラバラ遺体」。そのうち一体がダッキーの旧知の検事・グラントのものだということが判明する。
かつてダッキーが働いていた病院でレイプ殺人がおこり、犯人と思わしき学生 ヴィンセント・ハンランが逮捕され、グラントの訴追とダッキーの証言によって8年の禁固となった。ダッキーは彼が復讐のために犯行に及んだと推測するが、当の本人は1年ほど前に事故で亡くなっていた。犯人死亡という事実とは裏腹に、残りのバラバラ遺体も件の事件を担当した判事、陪審員長のものだと判明。ギブスは件の犯人の身内が代理報復を行っているのだと推測。
ヴィンセントの身内は葬儀屋をやっていたが、母親は息子の冤罪を信じNCISに敵意を剥き出しにする。
ダッキーも狙われると危惧したギブスは、トニーにダッキー宅の警護を任せる。痴呆のダッキーの母、そしてたくさんの飼い犬の面倒もみることになったトニーはタジタジ。
トニーが警護に当たるなか、ダッキーの家には4人目の遺体がドラム缶詰めの状態で配達されてくる。
トニーに代わりケイトがダッキーの警護に当たるなか、一瞬の隙をついてダッキーがさらわれてしまう。家から立ち去ったタイヤ痕から、ヴィンセントの家族の車だと判明。しかし家や葬儀社を調べるも、ダッキーの姿は見当たらない。
アビーとパーマーはヴィンセントの墓を掘り返し遺体を調査するが、その遺体はヴィンセントのものではないことが判明する。ヴィンセントの両親はヴィンセントの死を偽装していたのだった。
NCISはふたたび葬儀社に踏み込むと、隠し部屋に隠されていたダッキーがヴィンセントと母親に解剖処置をされる寸前だった。NCISに追い詰められたヴィンセントは「刑務所には戻りたくない」とその場で首を切って自殺する。
見どころ：
シーズン１からひっぱっていた「バラバラ遺体」事件が解決。ダッキーにメインで焦点があたった初の回。
第14話「窓越しの目撃者」（原題：Witness）
あらすじ&ネタバレ
海軍兵士がとあるアパートで首を絞められているシーンを向かいの家の女性・エリンが目撃する。警察は懐疑的だが、NCISは捜査のためマクギーを現場に派遣する。
エリンはホームビデオでその様を撮影したが、残念なことに犯行現場はしっかりと映っていなかった。しかし容姿端麗で賢いエリンの証言にマクギーは一抹の信用をよせ、ギブスに正式な捜査を要請する。
現場からは確かに海兵の指紋が検出されマクギーはエリンのために事件を解決しようとやっきになる。
現場となった部屋の持ち主・ソーンと発見された指紋の持ち主・ディロンの関係をさぐるNCIS。捜査のさなか、別の現場からディロンの遺体が発見される。
ソーンが犯人とみ捜査をすすめるなか、目撃者であるエリンが何者かに襲われてしまう。マクギーは現場に駆けつけるが、犯人は取り逃がしエリンは死亡する。
マクギーはショックを受けてふさぎ込んでしまうが、ケイトの勧めで催眠療法をうけたマクギーは「犯人が右腕に腕時計をしていた」ことを思い出す。
いっぽうでアビーは鑑識結果から、ソーンとディロンが同一人物であることを特定する。ディロンは不正に入手した大金を部屋に隠していたが、それを奪おうとした人物がディロンを殺し、目撃者のエリンにも手をかけたのだ。
マクギーの証言から、左利きであったことから現場のアパートの管理人が犯人であることを突き止める。管理人を追い詰めたマクギーはエリンを殺された憎しみから彼に銃を突きつけるが、ギブスが制止する。「そいつを撃ちたかったら逃げてる最中に撃つんだったな」と。
事件解決後、マクギーはエリンの両親あてにお悔やみの手紙をしたためるのだった。
見どころ：
ギブスはマクギーに捜査の主導を任せ、マクギーはぎこちないながらも捜査を指揮する。
エリンと親しげにするマクギーの姿に、アビーが嫉妬するシーンも。
今回アビーのラボでかかっていた楽曲はUnit:187「Second Class Citizen」（Decree mix）
第15話「カメラは見ていた」（原題：Caught on Tape）
あらすじ&ネタバレ
キャンプ中の海兵が山中で遺体となって発見される。死亡直前まで撮影していたとされるホームビデオには被害者が足を滑らせて崖下に転落したらしい様子が映し出されていた。
被害者と一緒にキャンプしていた妻と友人は、事件直前キャンプ中に近くで酔っぱらいに絡まれた、と証言する。ギブスとケイトは現場近くでキャンプカー暮らす不審な男・ラニオンを逮捕し聴取するがラニオンは無実を主張する。
アビーは壊れたホームビデオのデータを復旧、その中から被害者の妻と親友が浮気している映像が収められていた。
不倫の末の犯行を疑い、妻と親友をそれぞれ聴取するNCIS。しかし彼らが犯人だという決め手に欠ける。
しかしその一方でアビーはビデオの映像をさらに解析し、無実を訴えていたはずのラニオンがカメラに映っているデータを復元することに成功する。
証拠不十分で釈放されてしまったラニオンを再び逮捕しに、チームが急行するが、ラニオンは抵抗し銃を乱射する。
ラニオンがキャンピングカーに立てこもると、ギブスはキャンピングカーに備え付けられていたガスタンクに発砲し、ラニオンもろともキャンピングカーを吹き飛ばしてしまった。
ラニオンが飼っていたイヌはケイトが引き取り飼育することになる。名前は「トニー」。
見どころ：
マクギーは捜査中、「うるし」のしげみに分け入り体中かぶれてしまう。
第16話「すり替えられた女」（原題：Pop Life）
あらすじ&ネタバレ
バーテンダーの男がある朝目覚めると、隣でネていた行きずりの女が死んでいるのを発見する。
被害者は海軍の女性兵士であることが判明するが、男は「連れ込んだはずの女はまったくの別人だった」と証言する。
アビーが男の下半身から採取した体液を鑑識すると、男の証言どおり別の女性の痕跡が検出。男は何者かによってはめられ、女性兵士の遺体を隣に置き去りにされたらしい。
バーテンの男はハメられた理由として、ライバル店がトラブルを仕組むために行ったのでは？と推測。
その証言からトニーとケイトは、近所で繁盛しているクラブに潜入捜査に繰り出す。するとそのクラブで歌手として働いていた女性が被害者の妹であることが発覚する。
NCISは妹が問い詰めると、ブルドッグという闇の元締めがクラブで働く女性たちを搾取していた。被害者は妹をブルドッグから開放しようとして殺されてしまったらしい。ケイトとトニーはクラブで働く女性に証言を求めるが、ブルドッグに怯えた女性は姿を消し、口封じに殺されてしまったらしく翌日遺体となって発見される。
女性の遺体からブルドッグの部下の指紋が検出され、NCISはブルドッグの事務所へ踏み込む。
ブルドッグは妹がクチを割ったと考え妹を殺そうとしたが、彼女に想いを寄せていたブルドッグの部下は彼女を護るために、ブルドッグを射殺してしまった。
妹は一命をとりとめたが、アビーは鑑識を勧めバーテンの男と関係を持った女性がこの妹だったことが判明。妹は姉を殺し、姉の死を利用してブルドッグをハメて今回の騒動を利用してブルドッグとの契約を破棄しようと企てたのだった。
見どころ：
ジミーとアビーは鑑識の一環で接着剤に触れて身体がくっついて離れなくなってしまう。それをみたマクギーは嫉妬。
第17話「目には目を」（原題：An Eye for An Eye）
あらすじ&ネタバレ
海軍兵曹のもとへ何者かの「目玉」がパラグアイから郵送されてくる。ダッキーの見立てでは、「目玉」は医療技術の高い物によって摘出されたらしいのだが。。。
宛先となった海軍兵曹の関与を疑ったNCISは張り込み捜査するが、夜中に銃声が響き、件の兵曹が女装して死んでいるのが発見される。遺体のそばには遺書が残され、「性同一性障害」を悩んだ挙句の自殺かと思われた。NCISは「目玉」に加えて、兵曹の自殺についても調査を始める。
兵曹が自殺直前に電話をかけていた訓練教官を調べるが、アビーの鑑識から、件の目玉の持ち主が教官の知り合いらしいことが判明する。ギブスはパラグアイの知人に協力を要請し捜査をすすめようとするが、件の教官は突如姿を消しパラグアイへと高飛びしてしまう。トニーとケイトは彼を追ってパラグアイへ向かう。
ふたりは現地で情報を集めるが、目玉の持ち主らしい女性は件の教官の妻だということが判明する。しかしその女性は14歳の少女だった。ギブスは現地の軍が「ロリコン趣味の教官」を見逃していたのかと憤慨する。ギブスは現地の軍曹に協力を依頼していたが、軍の上層部から直々に教官を護るように指示がでる。何らかの理由で軍が彼をかばおうとしているのだ。
トニーとケイトは教官のいどころを探し出し逮捕、心だと思われていた彼の妻は実際には生きており、かわりに彼女の妹が殺され目玉をくり抜かれていた。ふたりは教官を拘束するが、パラグアイの政府から彼を釈放するように指示が出てしまい、彼は解放されてしまう。
いっぽうでギブスは軍の上層部に指示を出したのがCIAだということを突き止める。ギブスはCIAの人物と衛星電話をつなぎ、教官の身柄を引き渡すよう交渉。
従わない場合はモサドとの合同作戦に参加した工作員・アリ（シーズン１ラストで登場）の正体を公表する、と脅しをかける。
直後、解放された教官が路上で撃ち殺される映像がNCISに送られてきた。CIAはアリの正体を伏せるために教官を生贄に捧げたのだった。。。
見どころ：
トニーの今回の映画ネタは「ローラ殺人事件」（1944年作）。
第18話「魅惑のネイビー・ガール」（原題：Bikini Wax）
あらすじ&ネタバレ
ビーチで開かれたビキニパーティに参加する予定だった女性海兵が、付近のトイレで便器に顔を沈めた状態で発見される。
NCISはトレイで吐いてる最中に顔を押さえつけられたとみられたが、ダッキーの検死から、彼女は妊娠しており、つわりで吐いていたのだと推測される。
ギブスとトニーは被害者が通っていたヨガ教室にやってくる。被害者はどうやらヨガの講師に悩みを打ち明けようとしていたらしい。いっぽうでトニーは講師のフィアンセだという男にきな臭さを感じ訝しむ。
被害者はビキニモデルで雑誌にも載っていたが、それを見た読者のひとりが熱狂的なファンとなり彼女に執拗なラブレターを送っていた。ストーカーによる犯行と見たNCISは件のファンの男を取り調べるが、彼にはアリバイがあった。
ギブスとトニーはヨガ講師のフィアンセが被害者と密通していたと疑い、彼にDNAサンプルの提出を求める。すると被害者が妊娠していたのはこのフィアンセの子供だったことが判明する。
しかし、彼は殺しには関与していなかった。殺人を侵したのはフィアンセではなくヨガの講師のほうだった。フィアンセの不倫をしったヨガ講師が犯行に及び、フィアンセに罪をなすりつけようとしたのだった。
見どころ：
トニーは大学時代の武勇伝をかたりケイトに呆れられてしまうが、トニーはたまたま飲みに行った店にケイトの学生時代の「やんちゃ写真」が飾られているのを発見。高笑いのトニー。
