第1話「非常事態エアフォース・ワン」（原題：Yankee White）
あらすじ&ネタバレ
米国大統領の乗った専用機エアフォース・ワンの中で海軍中佐が突然死する。
海兵隊絡みの事件の捜査としてNCIS（海軍捜査局）からギブスとトニーがやってきて事件の捜査にあたる。現場にはFBIのフォーネル捜査官も訪れ、NCISとFBI、さらに大統領警護を担うシークレットサービスの3組織が捜査の指揮権を争い揉めてしまう。
シークレットサービスのケイトの協力を得たギブスはFBIを出し抜いて捜査をすすめるが、死んだ中佐と同じ症状で亡くなった海兵隊員がいることが判明。しかもその人物はケイトの交際相手だった。ギブスはケイトの事件関与を疑う。
そんななか再び大統領が専用機に搭乗することになる。ギブスも同乗し警戒にあたる。トニーとアビーは死んだ軍人たちの軍服から同じ毒が検出され、どちらも基地の同じ店でクリーニングをうけていたことを突き止める。NCISはアルカイダが毒物を使ってテロを企てたのでは？と関与を疑う。
そんななか機内で再び変死事件が発生。
混乱を極める機内で、搭乗を許可された新聞記者が銃を持ち出す。中佐の変死によって搭乗する機体が変更されたため、機内には銃火器が密かに持ち込まれていたのだった。ギブスは銃を乱射する犯人に臆することなく正確に銃弾を打ち込み、けが人を出す前に事態を収束させる。
上司に無断でNCISに協力したケイトはシークレットサービスを辞職するが、彼女の手腕を見込んだギブスは彼女をNCISにスカウトする。
見どころ：
記念すべき第1話。
キャラクター設定があまりまとまっておらず、シリーズ後期での各キャラクターの人物像と相違する点が散見される。
FBI長官役にはドラマ「24」などでおなじみのグレゴリー・イッツェン（Gregory Itzin）が客演。
第2話「闇に落ちたパラシュート」（原題：Hung Out to Dry）
あらすじ&ネタバレ
パラシュート降下訓練中の兵士が墜落死する。
ギブスは捜査をすすめる中で、死んだ兵士が身につけていたパラシュートが細工されており、何者かによってパラシュートが開かないようにされていたのではないかと考える。被害者の同僚の兵士たちを疑うギブス。従軍前にはそれぞれ悪さをしてきた過去もあり、誰もが疑わしい。
アビーの鑑識によって細工されたパラシュートから犯人のものと思われる皮膚細胞が検出されるが、軍人のDNA情報は「遺体の身元確認」にしか使用できない規則。
アビーはさらにパラシュートから微量の「大麻」が付着していることを突き止める。
ギブスとトニーは、再開されたパラシュート降下訓練に参加。犯人と目ぼしい兵士・デフェルメアに上空で細工されたパラシュートを手渡すギブス。彼は犯人であるが故、そのパラシュートが開かないことを知っていた。降下訓練中、そのまま降下スルわけにも行かないデフェルメアは犯行を自供する。
従軍以前にドラッグの密売に手を染めていたデフェルメアは、依然として密売に関与していたが、そのことを被害者の兵士に気づかれ口封じのために殺したのだった。
仲間の裏切りを知った兵士たちは上空で押し問答。そのはずみで押されたトニーは飛行機外に投げ出され、図らずもパラシュート降下初体験を果たした。
見どころ：
ケイトが捜査官として初参加。アビーとの会話もまだ距離感あって初々しい。
シリーズ名物でもあるギブスの「船大工趣味」が披露される。
第3話「船乗りの死の真相」（原題：Seadog）
あらすじ&ネタバレ
海岸に銃創を残す無人の船が乗り付け、直後付近で海兵と麻薬の売人の遺体が打ち上げられる。
状況証拠から「遺体の海軍中佐が麻薬密売に関与していたのでは？」と疑う現地警察。しかし中佐が悪事を働いていたとは思えなかったギブスは捜査の末に密売組織の抗争に巻き込まれたらしいことをつきとめる。
密売組織の所有していた船の中に血痕と銃創を見つけた一行、どうやらそこが殺害現場らしい。船上で密売組織の抗争が起き、たまたまボートで近くに居合わせた中佐は巻き添えを食って死んだのだろうと推測するギブス。
死んだ売人の持ち物からは9.11テロで使われたものと同じ偽造紙幣が発見される。そこから中東絡みのテロをうたがったFBIはNCISの捜査に干渉してくる。トニーの聞き込みによって現場となった船に不審な男が出入りしていたことを突き止める。その男はテロ行為によって要注意人物に指定されたセス・シャキールだった。
セスの狙いは送電網の破壊による混乱。ギブスは送電線を破壊しようとしていたセスを追い詰め、計画実行前に射殺する。
亡くなった中佐の密売疑惑は晴らされ、ギブス満足顔。
見どころ：
検視官・ダッキーの助手としてジェラルドが初登場。
ドラマ「LOST」のクレア役でおなじみのエミリー・デ・レイヴィン（Emilie de Ravin）が客演。
第4話「不死身の戦士」（原題：The Immortals）
あらすじ&ネタバレ
とある水兵が正装姿で海底に沈められているのが発見される。
身体に重りをつけられていたことから他殺の線で捜査を始めるNCIS。水兵は駆逐艦フォスターに搭乗していたことからギブスたちはプエルトリコに滞在しているフォスターに乗り込み捜査をすることに。
フォスターの乗組員は、被害者の交友関係が乏しかったと証言するが、そのいっぽうで彼の持ち物の中からは研がれた剣や剣術に関する書籍が見つかる。
さらにアビーの鑑識の結果、彼がプレイしていたらしいオンラインゲームのキャラクターシートを発見する。
被害者は海軍のコンピューターをつかってゲームに勤しんでいたのだ。さらにアビーはゲームのプレイ履歴から、被害者意外にもフォスターからゲームをプレイしていた人物がいることをつきとめる。
ギブスは乗組員 ズーガーの犯行を疑うが、被害者はゲームにのめり込むあまり現実世界でテロを起こそうと考え至ったのだ。その標的はギブスたちも搭乗しているフォスター。
艦内に生物兵器が仕掛けられたと危惧したギブスは非常事態を発令し総動員で兵器を探そうとする。パニックになる艦内、手がかりを探すギブスはズーガーを問い詰めると、彼が被害者に自らおもりを付けて海底に飛び込むよう指示したことを告白する。テロを画策するほど精神を病んでいた被害者はその指示にまんまとしたがってしまったのだ。
爆弾は館長の部屋にしかけられていたが、それに気づいたトニーとケイトが警告し、既の所で館長とギブスは難を逃れた。
捜査を終えた一行、トニーはプエルトリコ土産に、ギブスには「スペイン語のゲームソフト」を、ケイトには水着のボトムだけを買ってきて大顰蹙をかう。
見どころ：
ダッキー名物のウンチク話が登場。
「映画」を題材にした会話も登場するが、後期シーズンで「映画好き」を公言しているトニーらしくなく、映画の話題にまったく食いつかない。
作中に登場し、原題にもなっている「Immortals」は実在するオンラインゲーム。
第5話「ミイラの呪い」（原題：The Curse）
あらすじ&ネタバレ
森に放置された海軍の落下タンクの中からミイラ化した海兵の死体が発見される。
捜査の結果、遺体の身元・シルズ大佐は空母の金庫から大金を盗んだとして不名誉除隊となっていた。
シルズによって盗まれたとされる大金は依然見つかっておらず、ギブスは知るずにかけられた容疑も間違いだったのでは？と疑い始める。
ギブスはシルズの同僚の海兵を疑うが、捜査の上で別の容疑者 エリン・トナーが浮上する。
件の女性兵士エリンは除隊後、宝くじをあてたと主張し、豪勢な暮らしを楽しんでいた。否が応でもエリンがお金を盗んだのだと疑うケイト。
シルズの勤務していた空母を創作したギブスは、シルズ以外の人間が金を横領した可能性を示唆。その人物こそケイトが聴取した女性兵士 エリン・トナーだった。
エリンは金を横領した後シルズや共犯の兵士を殺して金を独り占めするが、殺された共犯がメキシコ領土内で発見される。
ギブスは今日半殺しはメキシコ警察の管轄だと話し、米国よりも待遇の悪いメキシコ警察へエリンを引き渡すと告げる。
それを危惧したエリンはしぶしぶ犯行を認め米国内で裁きを受けることとなる。
が、じつのところメキシコ警察の協力があったというのはギブスのハッタリだった。エリンはまんまとハッタリに乗せられ自供してしまったのだった。
見どころ：
映画「偶然の恋人」（2000年作）をモチーフにした会話が登場するも、ここでもトニーはこの会話に絡んでこない。
ちなみにこの捜査の日で、トニーが入局して2年目らしい。
今回アビーのラボでかかっていた楽曲はThe Newlydeads「Melting」
第6話「汚れた空母」（原題：High Seas）
あらすじ&ネタバレ
とあるスペインのレストランのキッチン、その冷凍庫の中で海兵ウィルクスが全裸でいるところを発見される。
ウィルクスは高熱を発しており錯乱状態、ドラッグの服用を疑われたが数週間前の尿検査では陰性だったという。
事件の捜査を担当することとなったスタンリー・バーリーはかつての上司であるギブスに捜査協力を依頼してくる。スタンリーはトニーの前任者としてギブスのもとで5年間NCISの捜査官を務めた人物だった。
ウィルクスの着任施設・空母エンタープライズでやってきた一同。ギブスはスタンとの再会を懐かしみ、トニーはその様子を見て部下として少しだけ嫉妬する。
ウィルクスの身体からはメタンフェタミンが検出されたが本人は服用を否定する。そんな中、空母の着艦業務中にウィルクスと同じく錯乱状態になる士官があらわれる。衛生官は「常習的に薬を服用している兆候」だと推測する。
兵隊たちはドラッグなんてやってないと否定するがNCISチームは艦内でドラッグ氾濫の証拠をつかもうと操作する。
捜査の最中、ウィルクスが死亡する。何者かが点滴に空気を混入し意図的に殺されたらしい。
ギブスとスタンは、士官を統率するレイエス兵曹長が士官たちに何かを配っているのを目撃する。
レイエスはカフェイン剤だと偽り興奮剤としてメタンフェタミンを兵士たちに与えていた。何も知らない兵士たちは、作業効率を上げるために知らず知らずのうちに薬を盛られていたのだ。
事件が解決した後、スタンは「君、（ギブスに）気に入られてるよ」とトニーを励ます。その言葉に勇気づけられたトニーは嬉しそう。
見どころ：
トニーの前任者・スタンが登場。スタンとギブスの師弟関係に嫉妬するトニーが新鮮。笑
スタン役にはドラマ「ヴァンパイア・ダイアリーズ」や「4400」に出演していたジョエル・グレッチ（Joel Gretsch）が客演。スタンは後期シーズンにも何度か登場します。
ウィルクス役を演じていたのはチャーリー・ホフハイマー（Charlie Hofheimer）。今年放送されたFOXの新作ドラマ「24：レガシー」でベン・グライムズ役を演じています。
