第19話「死者は語る」（原題：Dead Man Talking）
あらすじ&ネタバレ
とあるビルのエレベーター内部で、NCIS捜査官のパッチが遺体で発見される。
銃で撃たれた末、腹を割かれ内臓が引きずり出されていた。何らかの事件に巻き込まれたと推測されたが、ギブスはパッチが何かを相談したがっていたことを思い出し、それを後回しにしてしまったことを後悔する（前回参照）。
トニーとケイトはパッチの自宅を捜索するがそこへマクギーから電話が入る。マクギーはパッチから依頼され3年前におきた保険金詐欺事件について調べていた。
検死の結果パッチの体内からは、彼が自ら飲み込んだらしいデジカメのメモリーカードが発見される。ギブスは、死を覚悟したパッチが証拠品として残したものだと確信する。メモリーにはパッチが張り込んでいたとみられる、ひとりの女性の写真が残されていた。ギブスはその女性がパッチの調べていた保険金詐欺事件に関与しているとみて捜査をすすめる。
件の女性を張り込むトニーとマクギー。トニーは命令に反して女性に接触し取り入ることに成功する。
いっぽうでアビーは鑑識結果から、件の女性が実は女装している「男」であることを突き止め、保険金詐欺の真実を隠蔽するためにパッチを殺したことが判明する。ギブスは女を追い詰めるが抵抗しようとしたため女を射殺、パッチの敵を討った。
見どころ：
マクギーは臨時捜査官としてチームに参加。「自作小説を書いている」という趣味を明かします。
今回のトニーの映画ウンチクは「張り込み」（1987年作）と「超音速攻撃ヘリ エアーウルフ」（1984年作）。
ジェラルドの代わりにダッキーの助手にジェイソン・パテルという人物が登場。しかし彼が登場するのは今回限り。
脇役出演ですが不動産屋の女性役に「HEROES」などに出演していたクリスティン・ローズ（Cristine Rose）が出演。
第20話「消えた海兵隊員」（原題：Missing）
あらすじ&ネタバレ
アトラス一等軍曹が行方不明となりNCISは捜索を依頼される。
彼は何者かによって睡眠薬を盛られ、下水道に監禁される。さらにそこには正体不明の遺体も転がっていた。
失踪直前に彼が女性新聞記者と密会していたことが判明する、その新聞記者曰く、アトラスは「仲間の兵士が次々に殺されている」とネタを提供してきたのだという。
捜査の結果アトラスがフィリピンに従軍した際の同僚たちが次々と失踪していることが判明、ギブスはそのチームの指揮官だったサッコが怪しいと睨む。トニーはサッコを尾行してバーに入るが、何者かに薬を盛られて気を失ってしまう。
気がつくとトニーはアトラスと同じ下水道に監禁されていた。トニーはアトラスと共に脱出を図るが、そこでアトラスから過去に犯した罪の告白を受ける。
アトラスと同僚たちはフィリピン従軍時に現地の女性と恋仲になりアメリカへ密入国させるためにコンテナの中に隠れさせたが、予定に反して付き添うものが同乗できず女性たちはコンテナの中で餓死してしまった。アトラスは、上官のサッコがそれを恨んで同僚たちを殺して回っていると考えた。
トニーは監禁場所から逃げ出すことに成功するがサッコがその後を追う。ギブスもサッコの足取りを追って現場にやって来る。しかしアトラスの予想に反しサッコは殺しにやってきたのでなかった。
真犯人は件のコンテナで死んだ女性のなかでただ一人生き残った女性だった。女性は仲間を死に追いやったことへの復讐として、兵士たちを殺して回っていたのだった。銃を向けるその女性にギブスとケイトは発砲もじさない構えだが、トニーがなんとか取り押さえたことで女性は命を落とさずに逮捕される。
トニーは無事に帰還したことを褒めてもらいたがるが、トニーの殉職を見越してマクギーが自分のデスクに座っていたのを見て唖然とする。
見どころ：
ギブスの教え”ルール9″は「何処へ行くにもナイフは忘れるな」。
サッコ役には「見えない訪問者〜ザ・ウィスパーズ〜」などに出演していたデレク・ウェブスター（Derek Webster）が客演。ちなみにウェブスターは本作のスピンオフ作品である「NCIS: ニューオーリンズ」に別の人物として出演している。
第21話「闇の武器」（原題：Split Decision）
あらすじ&ネタバレ
身体に大穴を開けた海兵の遺体が発見される。
被害者のPCからは大量の兵器の写真が見つかり、ギブスは彼が兵器の密売に関与していたと疑い、トニーがその店にオトリ捜査をしかけることに。
件の武器質屋にやってくると、その質屋を牛耳っているらしい女性・メリンダが現れる。トニーは密売人を装って彼女に近づく。彼女がクロだと判断したトニーと現場に駆けつけたギブスは彼女に銃を向けるが、彼女はATF（アルコール・タバコ・火器及び爆発物取締局）の覆面捜査官だった。
メリンダは武器の密売の証拠を掴むため質屋に潜入し、被害者が行おうとしていた武器取引に目を光らせていたのだ。NCISはメリンダと組んで捜査をすすめることになる。ギブスは自ら武器商人になりすまし、メリンダと共にバイヤーとの取引に臨む。
しかしギブスは取引でヘマをした結果、戦法に撃ち殺されてしまう。目の前でギブスが撃たれたことに動揺したメリンダは自身のコネを使って不正に入手した武器を調達しようとする。…しかしこれはギブスの演技だった。取引相手も実はギブスが用意した偽物。すべてはメリンダが裏で密売を仕切っていることをあぶり出すためのお芝居だった。まんまとそれに引っかかったメリンダは逮捕される。
見どころ：
ダッキーの助手としてパーマーが初登場、以降彼が正式なダッキーの助手として採用される。
今回の映画ネタ（ドラマですが）は「600万ドルの男」（1973年作）。
メリンダ役にはドラマ「スキャンダル」などで知られるベラミー・ヤング（Bellamy Young）が客演。
第22話「断ち切られた絆」（原題：A Weak Link）
あらすじ&ネタバレ
特殊部隊の下降訓練中に大尉が転落死を遂げる。
アビーの鑑識から、被害者の装備が耐久性の弱いものに差し替えられていたことが判明する。
死亡事故が起きた作戦はCIA絡みの特殊作戦だったため、NCISの捜査にはCIAが干渉してくる。さらに被害者の妻には前科があったり、被害者には偽名で使用していたメールアドレスが発見されるなど不審な点がいくつも浮き彫りとなる。ギブスとケイトは被害者の親友だったラリー神父に聴取しようとするが、神父は「信者の秘密は明かせない」と拒否。
情報集めのために内密にハッキング捜査を行うため、マクギーが招集されるが、アビーとの恋愛関係がうまくいっていないふたりは揉めてしまう。ふたりのハッキングの末に、被害者は浮気をしていたことが発覚する。妻は浮気に感づき夫を監視するようになったが、その相手は「男性」だった。
夫が同性愛者だということにショックを受ける妻、被害者自身も妻を苦しめたことや自身のセクシャリティのジレンマに苦しみ、自ら装備に細工を施し自殺を図ったのだった。
見どころ：
アビーはマクギーからの求愛をうけて引いてしまう。それにショックを受けたマクギーはふてくされる。（でも直後に仲直り）
今回のトニーの映画ネタは「ハロウィン レザレクション」（2002年作）。
ラリー神父役にはドラマ「デスパレートな妻たち」でおなじみのダグ・サヴァント（Doug Savant）が客演。
第23話「宿敵」（原題：Reveille）
あらすじ&ネタバレ
依然、アリの素性を調べていたギブスだが、マクギーは持ち前のIT技術を駆使しアリの正体を割り出すことに成功する。
ギブスはアリのプロファイリングをケイトに任せ、彼が宗教的なテロリストでないと察する。彼女は「金」が目的だと推測するが、ギブスはどうも納得がいかない。
ケイトは、ギブスのアリ捜索への入れ込み様を心配し、トニーに相談するのだが。。。ケイトは街なかでアリを目撃し追跡するが、アリの部下に拉致されてしまう。アリは隠れ家にケイトを連れてきて拘束する。
アリのアジトには、トニーをたぶらかすことに成功したスウェーデン人女性・マルタの姿も。彼女もどうやらアリの指示で動きトニーと接触したらしかった。アリはケイトの素性を調べ彼女がシークレットサービスで働いていたことも突き止めていた。
アジトでミサイルを見かけたため、アリが「大統領用ヘリを撃ち落とす」作戦をたてているのだと危惧したケイトだがアリはそれを否定する。アリは自身がイスラエルの諜報機関・モサドから派遣され、テロ組織に潜入している工作員であることを明かす。
ギブスもアリがモサドであることを突き止めるが、政府機関の工作員だったとは言えジェラルドを傷つけた事実がある以上、ギブスはアリのことを許せない。
ギブスはFBIを通じてアリをNCISに呼び出す。アリは部下であったマルタを殺し「彼女がモサドの工作員だった」とでっち上げて、テロ組織への潜入を続けるつもりであることを語る。アリの目的は潜入の末「テロを未然に防ぐ事」だという。
彼の目的を聴いてもなお、収まりのつかないギブスは、アリへの怒りを一発の弾丸に込め彼の腕を撃ち抜く。
が、命までは奪わずそのまま彼を解放するのだった。
見どころ：
この回とは直接関係ないですが、ダッキーは複数の遺体が細かくバラバラにされたものを検死する。この遺体は後続シーズンのとある事件へとつながる布石となっている。
ギブスの教え”ルール7″は「嘘をつくなら具体的説明を」。
今回のトニーの映画ネタは「捜索者」（1956年作）、「ペイバック」（1999年作）、「逃亡者」（1993年作）。
額を撃ち抜かれたマルタの遺体とシーズン２で殉職するケイトの姿がフィードバックする。これはネタバレしつつも次シーズンへの布石となる、ある種、重要なシーン。
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