第7話「深海の潜入者」（原題：Sub Rosa）
あらすじ&ネタバレ
ノーフォーク基地に運び込まれた化学薬品入りのドラム缶の中から遺体が発見される。
賛成の薬品につけられていた遺体は溶けてしまって身元がわからない。遺体のあまりの惨状に、現場に駆り出された捜査官候補生・マクギーは気分を悪くしてしまう。
ダッキーは遺体にタトゥー痕があっとことから被害者が潜水艦の乗組員であることをつきとめる。しかし、当の潜水艦隊には行方不明者は見当たらない。つまり誰かが被害者に成り代わって艦隊に潜り込んでいるらしいのだ。
ギブスは潜水艦への立ち入り調査を申し込むが、古い考えの上層部は女性であるケイトの乗船を拒否する。しかしギブスはその言いつけを聴かずケイトをつれて原子力潜水艦・フィラデルフィアに乗船する。
船長のロバート・ピーターズは「偽物が潜入している」とはにわかには信じられないが、渋々NCISの捜査に協力する。
乗組員の聴取を行い、ケイトは昔取った杵柄、プロファイル能力を発揮するがいまいち決め手に欠ける。ギブスはプロファイルに利用している、乗組員の資料が共犯者によって改ざんされているのではないか？と疑い始める。
艦内でのテロを危惧したギブスは潜水艦の演習を中断させ、水面に浮上、基地に残してきたトニーと連絡を取る。
トニーとマクギーは基地の人事記録から、最近辞職した人物の家を特定し家宅捜索する。家の中からは、過激な環境テロリストが潜水艦の空調に毒ガスを仕掛けようとしているらしい証拠が見つかる。
さらにアビーとダッキーは遺体の正体がドリューという人物であることを特定する。ギブスはドリューに成り代わって潜入していた男を捕らえようとするが、男は自分の悪事がバレたことを予見し自室で自殺していた。
アビーは毒ガスが低音化で気化するタイプのものであることを突き止める。
自殺した男の遺体は必然的に冷暗庫に保管されていたが、それを見越して男は毒ガスを飲み込んでいた。低音で安置されたことで毒ガスが遺体の体内に充満する。ギブスはそれに気づき急いで遺体を船外に放り出し、なんとか難を逃れたのだった。
事件を終えた一行、捜査を通してアビーが気になりだしたマクギーは彼女にデートを申し込む。
見どころ：
後続シーズンでレギュラーメンバー入りするマクギーが捜査官候補生として初登場。
今回アビーのラボでかかっていた楽曲はCollide「Euphoria」
ロバート役にはドラマ「24」シリーズでアーロン・ピアース役を演じたグレン・モーシャワー（Glenn Morshower）が客演。
第8話「グアンタナモの宝石」（原題：Minimum Security）
あらすじ&ネタバレ
路肩に突っ込んだ車の中から海兵・サイードの遺体が発見される。
彼の遺体を解剖するダッキーは、彼の消化管の中から多数のエメラルドを発見する。
ギブスは海兵の勤務先であったキューバのグアンタナモへ捜査に向かう。現地にはサイードと組んで仕事をしていたNCISの捜査官・キャシディーが滞在していたがギブスは彼女の関与を疑い事件の詳細は告げずに捜査をはじめる。
滞在中、ギブス、トニー、ケイトの3人はひとつ屋根の下のゲストハウスで過ごすことになる。南国故に、部屋に忍び込んだイグアナに大声を上げるトニー。一同揃ってイグアナに銃を向ける。
デルタ刑務所にやってきたギブスはキャシディーが尋問を担当していた囚人・ナシールと面会する。トニーはキャシディーに探りを入れるが彼女は疑われていることを危惧しガードを緩めない。ギブスはキャシディーにサイードの死を告げる。
操作を進める過程で刑務所内に「ビン・ラディン」の息子が収容されているという可能性が浮上する。ナシールはアルカイダから送られた内通者であり、捕まってしまった指導者の息子がクチを割らないように暗殺するため送り込まれた刺客だったのだ。サイードは彼にそのメッセージを伝えに来た使いだった。
ギブスはナシールを泳がせ暗殺しようとしたところを拘束しようとする。
ナシールの抵抗にあい苦戦するが、既の所でキャシディーが発砲しナシールの暗殺を阻止することに成功した。
見どころ：
後期シーズンにも登場するキャシディー捜査官が初登場。彼女のことが気になるトニーはシリーズ初のロマンス展開を披露。
今回アビーのラボでかかっていた楽曲はAndroid Lust「Follow」と「Stained」
第9話「死者からの電話」（原題：Marine Down）
あらすじ&ネタバレ
殉職した海兵隊ジム・キッドウェルの葬儀が執り行われるが、キッドウェルの妻のもとには、失くなったはずの夫ジムから「俺は死んでない！」と電話がかかってくる。報告を受けたNCISはジムの生死を確かめるために捜査にのりだす。
ギブスたちは「何者かによる嫌がらせ」と考えたが、妻の証言では「確かに夫の声だった」という。
ジムの上官に面会したギブスたちは、ジムの死因は「従軍先で娼婦とトラブルになり毒殺された」らしい。しかし軍は死亡に関する詳細を明かそうとしない。
そんななか、ふたたびキッドウェルの妻の元へジムから電話がかかってくる。アビーの分析によればどうやら間違いなく本人のものらしかった。
ギブスはジムの墓を掘り返し遺体を確認しようとするが、掘り起こされた棺の中には間違いなくジム本人の遺体が横たわっていた。
本人の遺体が発見されたことで捜査はふりだしにもどるが、遺族の元にはディノッゾを名乗る偽捜査官が現れる。追跡するも逃げられてしまうが、ダッキーの検死の結果、ジムはNCISの捜査が始まってから殺され棺に入れられたことが判明する。
ギブスは、ジムと一緒に殉職した兵士・キアリーも未だに生きているのでは？と考え墓を掘り起こすが、その読み通り墓は空っぽだった。
捜査の末、ふたりの兵士はCIAの潜入作戦に巻き込まれていたことが判明する。ギブスたちは作戦でカルテルに捕らわれたキアリーを救出するためコロンビアへ向かう。コロンビアで待ち構えていたのは、キアリーとジムを解放するために動いていた海兵だった。彼は二人の兵士を解放するための身代金を着服するため、ふたりを始末しようと考えたのだ。
ギブスは丸腰で犯人と面するが、ケイトとトニーが絶妙なコンビネーションを見せ犯人を射殺。キアリーは無事に帰国し家族の元へと帰ることができたのだった。
見どころ：
移動に貨物機をつかった一行、トイレが常設されておらずケイトはビニール袋で用を足すハメに…。
今回アビーのラボでかかっていた楽曲はChiasm「Isolated」
意外にもケイトが絵を描くのが得意なことが判明！
第10話「よみがえる記憶」（原題：Left for Dead）
あらすじ&ネタバレ
ロック・クリーク公園で女性が生き埋めにされる。女性は自力で地上に這い出すが記憶を失い、身元がわからない。
ただ一つ覚えていた記憶は「軍艦に仕掛けられた爆弾が爆発する」という情報だった。
ケイトは記憶喪失の女性に聴取をしながらも、怯えた様子の彼女に同情する。「もしかしたら自分が爆弾を仕掛けたテロリストなのかもしれない」と怯える女性をケイトは励ます。
しかしその励ましとは裏腹に、アビーの鑑識では女性の衣類から高性能爆薬の原料が検出される。
ケイトは彼女の記憶を取り戻すために病院の外へ出そうと、記憶を取り戻した演技をさせて病院を退院させてしまう。街の服屋に彼女を連れ出したケイト、そこで女性は「スキンヘッドの男に襲われた事」を思い出す。
その頃ギブスとトニーは彼女の持ち物のなかから見つかったホテルのカギをもって部屋に向かうが、部屋では件のスキンヘッドの男が撲殺された状態で発見される。
ギブスはスキンヘッドの男が務めていたドイツ系企業のオーナーに聴取するが、彼は件の女性が生きていたと知って一瞬動揺する。その様子を見逃さなかったギブスは彼が事件に関与しているのだと睨む。
いっぽうで女性はスキンヘッドの遺体を確認したことで、記憶を取り戻したが、そのことをケイトには隠すことにした。
女性は件の企業で兵器開発に勤しんでいた。オーナーと不倫関係に会った彼女は、別れを告げられ追いすがったが彼女の存在を疎ましく思ったオーナーが彼女を生き埋めにしたのだった。彼女は記憶が戻ったことをNCISには内緒にしたまま、オーナーと面会し復讐を果たそうとする。兵器開発をしていた彼女は開発した小型爆弾を手にオーナーもろとも自爆し吹き飛んでしまう。
NCISチームは軽症を負うも無事、彼女に気をかけていたケイトは意気消沈。。。
見どころ：
NCISはほとんどなにも手を出せないままに事件が収束してしまう異例作。
第11話「衛星が捉えた殺人」（原題：Eye Spy）
あらすじ&ネタバレ
リトルクリーク海岸基地で男性の遺体が発見される。
衛星カメラで監視をしていた監視員は海岸にいたヌーディストを盗み見ていたのだが、図らずもその近くで件の男性が何者かに刺される瞬間を目撃していた。
被害者は海軍の少佐であり、軍外部の企業サイドスキャン社で技術顧問を務めていた。彼が死んだとなると、開発中のマシンの製造が中断されてしまい、企業にとっても軍にとっても大きな打撃となる。
トニーは遺体の通報をした匿名の人物を特定するため、マクギーに技術サポートを依頼。見事の相手の電話番号をつきとめるマクギー。
トニーは、マクギーとアビーがその後距離を縮めているらしいことを茶化す。
マクギーが突き止めた番号はCIA支局からのものだった。ギブスはCIAに捜査協力を求めるが拒まれてしまう。
ギブスはアビーの知り合いにNASAの技術者がいることを知り、彼の協力を得て、CIA内部のどの部署から衛星で監視していたのかを特定。さらにその担当者を特定する。ギブスとケイトは通報した監視員から情報を聞き出す。
ダッキーは検死の結果、犯人が左利きであることを特定。アビーは被害者のパソコンから、技術開発へ難色を示していた記録を発見する。
トニーは件の海岸にいたヌーディストを特定、彼女から事情を聞いた結果、被害者を指したのが女性だということを突き止める。
ギブスは「左利き」「女性」という要素に加え、被害者が不倫していたという事実から、被害者の妻が犯人だと睨む。捜査情報をわざと妻にながしたギブスは、彼女を泳がせ犯行の証拠をおさえることに成功する。
見どころ：
マクギーがチョイ役で登場。
トニーのクチから初めての映画ネタが登場。ちなみにヒッチコックの「サイコ」（1960年作）ネタ。
ドラマ「ヴァンパイア・ダイアリーズ」「カイルXY」などに出演していたマルグリット・マッキンタイア（Marguerite MacIntyre）が客演。
CIAの長官役にはドラマ「24」などで知られるジェイムス・モリソン（James Morrison）が客演。
第12話「マイ・ライトフット」（原題：My Other Left Foot）
あらすじ&ネタバレ
ゴミ捨て場から切断された人間の足が発見される。
足には人工関節が入っておりその製造番号から被害者が海兵隊員であることが判明する。足からは何者かが残した指紋と植物の種子が検出される。
ダッキーは足の状態から24時間以内に殺されたと推測するが、軍の記録では被害者は2年前に死んだことになっていた。
トニーとケイトは被害者が死んだ際に検視を行ったとされる女医・シルビアを訪ねて田舎町にやってくる。ふたりは埋葬された遺体を改めようとするが、被害者の遺体は火葬されてしまっていた。
ギブスとケイトは被害者の妹を名乗る女性メリッサの家にやってくる。メリッサはギブスに色目を使うがギブスはそれを利用して聴取を進める。
さらに被害者は死亡直前に死亡保険に入り、メリッサが大金を受け取っていることが判明する。
ギブスは被害者の上官であったガナリー兵長を聴取するが、メリッサが被害者の妹ではなく恋人だったという事実を知る。アビーは植物の種子のDNA鑑定を行い、被害者の足から見つかったものとメリッサの家の庭に生えている木が同じものだと特定する。
ギブスはメリッサの家を捜索、ギブスに想いを寄せていたメリッサはショックを受ける。
すると彼女の家の2階に隠れていたシルビアを発見。シルビアとメリッサは親子だった。シルビアは医者という立場を利用して保険金詐欺のために被害者を殺した。シルビアは悪びれもせず全てを娘のせいにしようとするが、良心の呵責に苛まれたメリッサは母親のした悪事を明かしてしまう。
その後、被害者の遺体はバラバラにされ各地のゴミ捨て場で発見される。
見どころ：
ダッキーのウンチクから映画「マイ・レフトフット」（1989年作）ネタが登場。邦題のネーミングはこれにちなんだモノ。
トニーは、ケイトがアビーの真似をしてお尻にタトゥーを入れたらしいという話を聴きつけ興味津々。
今回アビーのラボでかかっていた楽曲はCollide「Wings of Steel」
ガナリー役にはドラマ「ブレイキング・バッド」「アンダー・ザ・ドーム」などで知られるディーン・ノリス（Dean Norris）が客演。
