第1話「見えない悪魔」（原題：See No Evil）
あらすじ&ネタバレ
ペンタゴンで会計監査をする大佐の妻と全盲の娘・サンディが誘拐される。
犯人は大佐のオフィスのPCを通じて妻子と引き換えに軍の予算から多額の現金を要求する。大佐は秘書を通じて内密にNCISに助けを求めてくる。
ギブスは捜査と気づかれないよう大佐のオフィスに監視カメラを設置し犯人の情報をさぐる。ギブスはアビーとマクギーにペンタゴンのコンピューターにハッキングするよう指示するが、アビーは珍しく尻込みする。トニーはデリバリー業者に扮して大佐に小型レシーバーを渡し、犯人に気づかれないよう交信を図る。
アビーとマクギーはハッキングに成功するも、NCIS本部ビルのエアコンが故障し熱でPCのがオーバーヒート。しかたなくふたりは、室温の低い検死室に移り、死体に囲まれながら作業するハメに。
ギブスは大佐に犯人と交渉し娘を解放させるように諭すが、盲目の娘が脅される光景を映像で見せられた大佐は怖気づいてしまう。
しかし身代金を手に入れたい犯人はギブスの思惑通り娘を解放する。どこかの街なかに解放されたサンディは電話をかけてくるが、その場所がわからない。
アビーは電話の音声を解析しサンディの現在地を特定、トニーとケイトが彼女を保護する。
サンディは全盲故にずば抜けた聴覚と絶対音感を身に着けていた。サンディはアビーたちがハッキングした映像の音声から監禁場所につながる情報をひきだし、大佐の妻の換金場所を特定する。さらにサンディの髪留めから犯人の指紋が検出され、犯人はかつて大佐の証言で公金横領罪で服役した男であることが判明する。
NCISはサンディのつきとめた情報を元に犯人を追い詰め、妻を救出する。
ギブスは妻子を救った後、大佐のことも逮捕する。実のところ、犯人の男に指示を出していたのは大佐自身だった。大佐は素性を隠して男を懐柔、誘拐事件を装って金を着服しようと考えたのだった。妻子を危険に晒してまで金を手に入れようとしたことにギブスは怒りを露わにするのだった。
見どころ：
マクギーまだ予備捜査官として勤務していたが、正式な捜査官としてギブスのチームに配属される。
サンディ役にはドラマ「スクリーム・クイーンズ」などに出演しているアビゲイル・ブレスリン（Abigail Breslin）が客演。
第2話「良妻の心得」（原題：The Good Wives Club）
あらすじ&ネタバレ
海軍基地の居住区地下からミイラ化した女性の遺体が発見される。
遺体の発見現場は地下壕らしく、その部屋は1950年台風の装飾を施され、遺体は鎖で拘束されていた。
遺体の身元は1年半前に失踪した女性海兵だと判明、捜査をしていたのはシーズン1で殉職したパッチだった。
ケイトは犯人が「理想の家庭像」を追い求めるあまり女性を拉致してるのだとプロファイリング、恐らく彼女と同じように今も誰かが拉致されているのだろうと推測する。
ケイトはプロファイリングの手腕を発揮、捕らわれた女性が救出を求めてひたすら祈りを捧げていたらしいことを突き止め憤る。
マクギーは別の海軍基地で最近行方不明になった女性兵士がいることを突き止める。ギブスは彼女が新たな被害者だと推測し捜索をはじめる。
ギブスは証拠のなかから、協会の祭司が使うローブの繊維が発見されたことから基地内教会の祭司の犯行を疑うが、実際犯行を犯していた祭司は捜査の手が及んだことを受けて逃げられないと覚悟し自殺してしまう。
被害者の監禁場所がわからないまま犯人が死んでしまったことでNCISは基地内で監禁場所を捜索。廃屋になった弾薬庫に女性が監禁されていることを突き止めたトニーは被害者を発見するが、監禁されている間にストックホルム症候群にかかった被害者は、犯人が死んだことを知るとトニーを襲い銃を奪って自殺しようとする。しかしケイトが説得し事なきを得るのだった。
見どころ：
前時代的な男尊女卑的なトニーの思想と、フェミニンなマクギーが対照的に描かれる。
第3話「パイロットの行方」（原題：Vanished）
あらすじ&ネタバレ
田舎町のトウモロコ畑に謎のミステリーサークルと無人の軍用ヘリが乗り捨てられているのが発見される。
ヘリに登場していたはずの2人の兵士が行方不明となり、NCISは捜査にあたる。オカルトマニアのアビーはミステリーサークルに興奮。
UFO絡みで地元民が騒ぐのを危惧したギブスだが、予想に反して地元民は一切現場に近寄らなかった。さらに現場の近くでは不審な小屋の火事が発生する。
トニーとケイトは失踪した兵士の家にやってくるが、そこで件の兵士のひとりを発見する。行方不明となったもうひとりの兵士は何かトラブルを抱えていたようなのだが。。。
捜査の末、件の兵士の携帯電話履歴からは、現場近くの公衆電話から着信があったことが判明する。ギブスは現場周辺の住民たちが何かを隠していると怪しむ。そんななか付近からは埋葬された焼死体が発見される。アビーの鑑識から遺体は失踪している兵士の兄弟であることが判明する。
ケイトの聞き込みの結果、焼死体で見つかった兵士の兄弟は地元の少女を妊娠させていた。そのことを知った彼女の父親が兵士の兄弟を殺害。それを知った兵士は復讐のためにヘリで飛来し、付近に潜伏しているのだと判明する。ギブスはあえて彼に復讐の機会を与え姿を表わすのを待つことに。
いっぽうで街ぐるみで事件を隠蔽しようとした住民をギブスは拘束する。
読み通り復讐のために街に現れた兵士、ギブスの説得の末、投降に応じる。
見どころ：
今回のトニーの映画ネタは「惑星アドベンチャー スペース・モンスター襲来!」（1953年作）。さらに「スタートレック」シリーズで有名なハンドサインを披露。
第4話「戻ってきた犯人」（原題：Lt. Jane Doe）
あらすじ&ネタバレ
休暇中の兵士が軍服姿の女性の遺体を発見する。
報告を受けて捜査に乗り出すNCIS、現場を保全したクラックストン兵曹はどうやらマクギーと旧知の仲らしい。
ダッキーはイギリスへの渡英を予定していたが、被害者のクビに刻まれた印をみつけると顔色と予定を変えて検死に取り組む。10年前に迷宮入りした連続殺人事件の手口と酷似していたためだ。その事件は軍人でない女性に軍服を着せレイプした上に殺し、首筋に印のような傷跡を残していた。
犯人は「10年後に戻ってくる」とメッセージを残しておりダッキーはこれがその事件なのだと直感した。
ギブスは10年前に事件が起きだした際に、軍が女性を登用し始めた時期だったことから10年間事件が起きなかったのは「服役」していたからでは？と考えた一行はそれを元に捜査をすすめる。しかし件の連続殺人の容疑者はすでに死亡していた。
模倣犯を疑ったNCISが捜査した結果、クラックストンが犯人であることが明らかになる。
同性愛者だったクラックストンは被害者に振られた腹いせに彼女を殺害、10年前の事件の再来に見せかけて犯行を隠蔽しようとしたのだった。
見どころ：
この日の捜査でケイトが入局して1年目。
本編からCMに入る際などに登場する「モノクロ暗転」する演出はこの回から登場。
クラックストン役には映画「ゴシカ」「デイ・アフター・トゥモロー」などに出演していたエイミー・スローン（Amy Sloan）が客演。
第5話「スパイは誰だ」（原題：The Bone Yard）
あらすじ&ネタバレ
海兵基地の爆撃訓練場で民間人が爆撃に巻き込まれて死亡する。
現場を捜査しにきたNCISは訓練場で別の遺体が転がっているのも発見する。ギブスは訓練場が遺体の廃棄場になっていたのでは？と推察する。
アビーは被害者について調べている最中、NCISのコンピューターがハッキングされる。被害者がマフィア絡みの犯罪者であったことから、何者かによって捜査が妨害されているのだと察する。アビーとマクギーはハッカーを特定、その相手はFBIのフォーネルだった。
フォーネルは被害者が、マフィアに潜入していたFBI捜査官だったことを明かす。フォーネルは大物のマフィアを追っていたが、内密にギブスに助力を請う。
FBIは情報が外に漏れていることから内部にスパイがいることを疑っていたが、その疑いの矛先はフォーネルに向いていたのだった。フォーネルはFBIの部下たちの手によって拘束されてしまう。
ギブスはフォーネルを救うために捜査に乗り出す。しかし一向に捜査が進行しないまま、フォーネルが獄中で首をつっているのが発見される。
ギブスは疑惑のマフィアのドン・ナパリターノに接触。彼の息子を拘束し、FBI内部に潜伏しているスパイと引き換えにしようと脅す。
取引現場に現れたナパリターノはギブスを騙して息子だけ取り返そうと画策するも、ギブスは爆薬を使って息子ごと吹き飛ぶとハッタリをかける。ナパリターノは仕方なくFBIに潜入していたスパイを告白。スパイとして潜入していた捜査官は保身のために銃を向けるが、潜んでいたFBI捜査官によって狙撃される。
ナパリターノは息子を取り戻すことをあきらめ引き上げ、彼の息子は刑務所に送られることとなる。
さらに実のところ、フォーネルは実際には死んでおらず、ギブスと一芝居うって潜入しているスパイを炙り出そうとしたのだった。まんまと騙されたトニー、ケイト、マクギーは唖然。
見どころ：
NCISチームがトレーニング。マクギーはケイトに、トニーはギブスにボコボコにされる。
第6話「過ちの代償」（原題：Terminal Leave）
あらすじ&ネタバレ
海軍の女性パイロット・シールズ少佐は買い物に出かけた帰り、自身の車を爆弾で爆破される。
少佐自身は難を逃れるも、彼女はアフガニスタンで民間人を爆撃した過去があり、そのことへの復讐の線が疑われた。
現場に捜査にやってきたNCISだが、テロ報復の疑いがあるとしてFBIに捜査権を奪われてしまう。NCISはシールズ少佐の家族の警護にあたるが、監視体制に置かれた家族は非協力的。ケイトとトニーはシールズの家に泊まり込みで警護にあたる。
捜査の結果、爆破にはアルカイダが関わっているらしいことが判明する。さらに海軍除隊後にイスラム教に改宗した男が関わっているらしいことが明らかになる。
FBIはシールズと警護のケイト＆トニーをおとりに犯人をおびき出そうと考えるが、部下を危険に晒したくないギブスはFBIに脅しをかける。そんな最中、トニーとケイトはシールズのランニングに同行するが、そこで再び車に仕掛けられた爆弾で狙われてしまう。
ギブスはFBIが民間人を犠牲にしてオトリ捜査をしようとしたことを、メディアに流すと脅し、引き換えにFBIがマークしている容疑者の尋問権を獲得する。
ギブスは容疑者を尋問する前に、ダッキーの検死解剖に立ち会わせ、グロテスクな検死風景を目の当たりにさせる。ショッキングな光景にアテられた容疑者はテロの犯行と仲間の居所を告白する。
容疑者の逮捕で事件は解決したに見えたが、実は2件目の爆破は別の犯人による犯行だった。
シールズの夫は近所の女性・グレタと不倫していたが、そのグレタはシールズを殺し、夫と一緒になることを望んでいた。
捨てられることを恐れたグレタは銃を取り出し、シールズも銃を構える。事態を察したNCISも駆けつけるが、シールズはすでにグレタを射殺したあとだった。
見どころ：
機械音痴のギブス、フラッシュメモリの使い方がわからず上下に降ったり、歯で噛んだりして呆れられる。
シールズ家の息子・ウィリーに終始おちょくられるトニーが見もの。笑
