第19話「仕組まれた陰謀」（原題：Conspiracy Theory）
あらすじ&ネタバレ
海軍の女性兵曹が自宅で軍服姿の男に襲われかけたと通報してくる。
兵曹は精神病に悩まされているらしく、主治医の話では過去にも同じような症状の妄言を繰り返していたらしいのだが、ギブスには彼女の妄想だとは思えなかった。
ギブスは主治医の態度を怪しむ。そのいっぽうで被害者の兵曹の上司がFBIによって収賄の取り調べを受けていることが判明。ギブスは彼女が上司の取り調べに関与していると考えるが、その夜、ギブスのもとに兵曹から助けを求める電話がかかってくる。
ギブスとケイトは彼女が収容された精神病院に駆けつけるが、兵曹は部屋で首をつって死んでいた。
NCISにはFBIのフォーネル捜査官が訪ねてくる。ギブスはフォーネルと取引し事件の調査に協力を要請する。
ダッキーは兵曹の検死の結果、彼女が自殺ではなく誰かに殺されたあとで自殺をもして吊るされたのだと断定する。ギブスとケイトは兵曹の家に捜索に向かうが不審な車が走り去るのを目撃、彼女の家からは無線受信機を取り外した形跡が発見される。兵曹が「何者かの声がする」とうったえていたのは妄想ではなく、誰かによって仕組まれたものだったのだ。
フォーネルとの合同捜査の結果、上司の収賄容疑はクロ。横領した大金はとあるロッカーに保管されていたが、その情報を知った被害者は口封じのために精神病院に入れられてしまった。さらにその病院に収容されていた別の患者たちが話を聞きつけ金を奪い取る算段をつけ、被害者を殺してしまったのだった。
見どころ：
トニーは前回見つけたケイトの「恥ずかしい写真」をネタにケイトをおちょくり倒すが、ケイトはアビーの協力を得てトニーの「ハードゲイポルノ風コラージュ写真」を作成。トニーに写真の削除を打診する。ふたりは「同時に写真を削除しよう」と駆け引きするが、お互いにその写真をギブスに送りつけてしまい…。
第20話「秘密の学生クラブ」（原題：Red Cell）
あらすじ&ネタバレ
海軍の士官養成プログラムを指導する大学で候補生の遺体が発見される。ダッキーの検死では被害者は死ぬ前に「拷問」されたらしいのだが。。。
アビーは被害者のパソコンから暗号化されたメールを発見。それによれば被害者は何者かによって狙われていたらしい。さらに大学では他にも行方不明となっている学生がいることが判明、彼の部屋からは血染めの布が発見される。
アビーとマクギーがパソコンを調べている最中に、何者からかチャットが送られてくる。マクギーがメッセージの送信先を特定すると、件の大学の学生寮からのものだった。ギブスたちは学生寮に踏み込むが、そこでは女子生徒たちのお泊まり会が開かれているだけだった。
ギブスはマクギーが失敗を侵したことで、しばらくマクギーのことを無視して叱責することに（大人げない…苦笑）。
ふたたび犯人からメッセージがとどきチームは大学に急行するが、こんどは学生たちがペイントガンで打ち合いを始め遊んでいるところに遭遇しただけだった。またも肩透かしかと思われたとき、マクギーは後者裏の工事現場に行方不明となっていた学生の遺体が埋められているのを発見する。
マクギーはハッキングと調査の末、大学内のオタク学生・フランケルがメッセージを送ってきた犯人だと特定する。ペイントガンで遊んでいた学生たちは徒党を組んでいたが、フランケルは仲間はずれにされたことを根に持ちNCISをおちょくったのだ。NCISはフランケルが真犯人ではないとすぐ見抜くが、彼の証言から、死んだ二人の学生を手玉に取っていた女学生・アシュリーの存在を知ることになる。
チームはアシュリーに事情聴取するが、彼女は上官に肉体関係を強要されていたと告白する。ふたりの学生はそのことを直談判しに行った末に上官に殺されてしまったのだった。
そのことを問い詰めると上官はギブスに襲いかかる。激しい格闘戦の末にギブスはその上官をボコボコにのして逮捕に至る。
見どころ：
今回のトニーの映画ネタは「ファイトクラブ」（1999年作）。
サラ役にはドラマ「プリティーリトルライアーズ」のスペンサー役でおなじみのトローヤン・ベリサリオ（Troian Bellisario）が出演。彼女は今後のエピソードにも登場してきます。
フランケル役には、後にドラマ「CSI」シリーズでヘンリー・アンドリュース役を演じるジョン・ウェルナー（Jon Wellner）が客演しています。
第21話「英雄にかけられた疑惑」（原題：Hometown Hero）
あらすじ&ネタバレ
戦死した海軍兵曹ドブスの遺書と倉庫の鍵を預かっていた高校時代の友人エミーが、倉庫の中にあったトラックの荷台に女性の白骨遺体を発見する。
軍でのドブスの評判は高く殺人を犯すような人物ではないと皆口を揃えて証言する。いっぽう白骨遺体の身元はドブスと懇意の中だった女性・ノラだと判明する。
軍上層部からはコールマンがやってきて捜査を24時間以内に終わらせるように要求する。ドブスの軍歴が評価され表彰対象となっていたため、彼の殺人容疑のシロクロをハッキリさせたがっていたのだ。
地元の警察では軍歴に反してドブスの評判は悪く、ノラの失踪にドブスが関与していると確信していた。
そんななかエミーが自宅で自殺しているのが見つかる。警察はノラの死にショックを受けたエミーが自殺に至ったと結論付けるのだが、ギブスにはそうは思えなかった。
ケイトとトニーはノラの両親に事情を聞きに行くが、ドブスが犯人だと思い込んでいる両親はトニー達を追い返してしまう。
ギブスは捜査の時間を稼ごうと思索をめぐらすがその甲斐もむなしく、上層部はドブスへの勲章授与を見送る決定を下してしまう。
しかしアビーたちが休日を返上して捜査に当たった結果、ノラの義父が犯人であることが判明する。義父はノラと仲のよかったエミーと肉体関係を持ってしまいそれをノラに知られてしまった。離婚に発展することを恐れた義父はノラを殺してしまったのだった。
ドブスの嫌疑は晴れ、コールマンは彼に勲章を与えるよう進言する。
また、事件と並行してトニーの車が盗まれるというトラブルが描かれるのだが、盗まれたトニーの愛車は巡り巡ってとある強盗に利用され、犯人の逃亡劇がニュースで報道される。チームメンバーが見守るなか車はスリップした大破。愛車が無残な姿になる様を見たトニーは絶句する。
見どころ：
トニーの今回の映画ネタは「コルドラへの道」（1959年作）。
第7話にも登場したコールマンが再登場
第22話「死の接吻」（原題：SWAK）
あらすじ&ネタバレ
NCIS宛に口紅付きの封書が届く。トニーは勢い勇んで封筒を開けるのだが中からは謎の粉末が吹き出す。
何らかのテロを危惧したギブスは捜査官達を避難させ緊急時の手順に従い、メンバーたちに検査を受けさせる。
粉末を吸い込んだトニーと前日から風邪を引いて抵抗力が弱まっていたケイトは海軍病院の精密検査をうけることとなる。
アビーとダッキーはトニーが開けた封筒の中から手紙を取り出す。そこには飛散した粉が「遺伝子操作された新型のペスト菌」であると記されていた。
菌には唯一効く抗生薬が存在し、手紙の送り主は薬と引き換えに過去のとある事件を調べるよう要求してきていた。いてもたってもいられなくなったギブスは隔離命令を無視し、防護服をまとって捜査を始める。犯人が要求してきたのはパッチ（シーズン１で死亡）が担当していた事件だと判明する。
件の事件の捜査にあたっていたキャシー・イエーツ捜査官と協力し捜査をすすめることになる。
検査の結果、ケイトは感染を免れたがトニーはペストに感染していることが確認される。
検査結果を聴いたギブスは捜査を焦り、ケイトはトニーを心配し彼を独りにしないため「自分も感染した」と嘘をついて隔離室に残ることを決意する。
パッチが捜査していた事件では海兵候補生たちによってある女性・サラがレイプされたのち苦しみ続けていたが、証拠不十分のため候補生たちは無罪となっていた。キャシーは女性の母親が科学者であることを突き止め、彼女が犯人だと疑う。
キャシーとギブスは母親をとらえ、彼女の細菌開発に加担した科学者から治療法を入手しようとする。科学者は予防措置として「感染から３６時間で細菌は死滅する」ことを明かす。しかしそれまでに体力を消耗していると生存確率は15%まで落ちる、と。
その危惧の通りトニーの病状は悪化し、死を覚悟したトニーは弱音を吐き始める。無残な彼の姿を見たケイトは耐えきれずに泣き出してしまう。
すでに細菌の死滅時間がすぎていることを知ったギブスはトニーの病床を訪れ、叱咤、彼の頭を軽く叩いて「お前は助かる」と言い聞かせる。
サラの母親は逮捕され、サラは涙ながらにレイプ事件がでっちあげだったことを白状する。
ギブスの叱咤の甲斐あってかトニーは徐々に体調を回復し事なきを得る。
見どころ：
今回のトニーの映画ネタは「プラスチックの中の青春」（1976年作）。
キャシー役にはドラマ「BONES」シリーズのカム役でおなじみタマラ・テイラー（Tamara Taylor）が客演。
最終回 第23話「帰ってきた宿敵」（原題：Twilight）
あらすじ&ネタバレ
ペスト騒ぎから無事退院したトニーは職場復帰する。
路上の車上で海兵2人が撃ち殺されているのが発見され、ひとりの被害者は両腕が切り取られていた。車のトランクには爆弾が仕掛けられており、トニーの機転で一同は無傷だったが遺体もろとも車が吹き飛んでしまう。
捜査の結果、車上に残されていた遺体は海兵ですらなかったことが判明。何者かが海兵の遺体だと偽ってNCISを現場に呼び出し爆弾で吹き飛ばそうと画策したのだ。報告を受けたモロー局長はFBIの強力を要請する。
知らせを聴いたフォーネルはNCISにやってきて「アリ・ハスワリがアメリカ国内でギブスの命を狙っている」らしいことを告げにやってくる。
そのころギブスの前にはアリが姿を現す。
アリはモサドからの依頼で二重スパイとしてアルカイダの組織に潜入しようとしていた。組織潜入の試験としてギブスの抹殺を指示されたと明かすアリ。アリはその場では事を起こさずに立ち去り、ギブスも彼をのまま解放する。
しかし話をしていたテーブルの下にはありの仕掛けた爆弾が残されており、ギブスは危うく殺されるところだった。
ギブスはアリを追おうとするがモローはソレを止める。ギブスは辞職覚悟でアリの追跡を懇願、モローはギブスの警護にケイトを組ませ、車上遺体の事件の捜査を終わらせるように指示を出す。
捜査の末、アリは兵器を盗みテロを企てていることが判明。ギブスに話した潜入捜査の話もウソだったのだ。
アリはFBIと協力捜査していたとことからフォーネルを通じてアリに電話するギブス。電波を辿って現在位置を特定し急行する。
アリは海軍艦隊の出港式を狙ってドローン兵器攻撃をしかけようとするが、マクギーがハイテクで阻止を試み、ギブスたちは周辺に潜んでいたありの部下と応戦する。兵器攻撃は無事に阻止され、ギブスは銃撃を受けるが防弾ベストを来たケイトがかばって事なきを得た。
任務終了を喜ぶ一同だが遠方からアリがケイトの脳天を射撃。
額に穴があいたケイトは倒れ込み、トニーは彼女の返り血をあびる。突然のことに呆然とするトニー、ギブスはありの姿を探すがみつけること叶わず。。。
見どころ：
「フォーネルがギブスの前妻と結婚した」という有名なエピソードが初登場する。
レギュラーメンバーのケイトが殉職。チームメンバーとしては降板となるものの、回想シーンで次シーズンにも登場する。
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