第1話「自然の法則」あらすじ
原題は “Laws of Nature”
シーズン２の最終話において、海底に沈んだテリジェンクリスタルからは有害成分が流出、海流にのって魚に吸収され、魚油を抽出したサプリメントへとその成分は濃縮されてしまう。サプリメントは販売用に店頭に並んでしまうのだが…。
シーズン３はこのサプリメント飲んでしまった男 ジョーイ・ギテレスの話からスタートする。
海洋汚染されたフィッシュオイルのサプリメントを飲んだジョーイは物質を融解させる能力を発現させる。自分でも何が起きているのかわからないジョーイは能力を暴走させながら街中を逃げまわっていた。
騒ぎを聞きつけた軍事部隊が男を制圧しにやってくる、殺処分も辞さない構えにおびえて逃げるジョーイ。
そこへシールドのエージェント・スカイ、ハンター、マックの３人が現れる
スカイ（デイジー）は自身の能力をつかって軍隊を牽制し、ジョーイを救い出そうとする。空から現れた飛行ポッドにジョーイを乗せて現場を離脱する。
ジョーイを取り逃がした部隊、彼らを牛耳っているらしき女性は現場を訪れる。その姿をこっそりと隠し撮りするのはシールドの長官 フィル・コールソンだ。
シールドの母船・クインクジェットに回収されたポッド。
スカイはジョーイのようにDNAの変化が訪れた人間を救出している、と説明する。絶望し取り乱す男をスカイはなだめる。
サプリメント摂取によって超能力を発現させる人間（インヒューマンズ）があとをたたない。
シールドは彼らを保護しようとするが、いつも謎の部隊によって先を越されてしまっていたらしい、今回ジョーイを保護できたのが初。わかっているだけで先を越され５人のインヒューマンズをさらわれてしまっている。
フィルは謎の部隊を牛耳っているらしい女の正体を突き止めようとする。
彼女はCIA、MI6など各国の諜報機関に身をおいていたらしいのだが、正体不明。シールドの大敵である集団 “ヒドラ” でもないようなのだが。。。
その頃、当の部隊では女性リーダーのロザリンド・プライスがジョーイを連れ去った集団（シールド）について嗅ぎ回っていた。
ロザリンドの施設では確保したインヒューマンズたちの死体が並べられているのだが。。。
シールドの施設に到着するとボビーがジョーイを出迎える。ジョーイの検査の準備を説明し、まだ未だ興奮気味のジョーイをなだめる。
テリジェンクリスタルからの流出成分によって、異星人のDNAを持つ一部の人間は能力を発現する、と説明するスカイ。
しかしその説明を聴いてもジョーイは笑って聞き流そうとするが、能力をコントロールするまで元の生活に戻せないと警告する。それを聴くと豹変して激昂するジョーイ。
マックはジョーイが起こした事件で街が大騒ぎとなっている報道を彼に見せる。
元の場所には戻せないと説明しても、混乱し能力を暴発させるジョーイ。スカイはとっさに自身の能力で彼を押さえつける。
ボビーはテリジェンの成分がどの程度、海流に乗って自然界にばらまかれたかを調査していた。
フィッツはシーズン２でシモンズがモノリスに飲み込まれて以来、独自に何かを調査していた。フィッツの独断行動を心配するマックだがボビーはフィッツの心情を察し好きにさせよう、と語る。
モロッコにやってきたフィッツはユセフ・ハダドという人物に会いに向かう。
モノリスと一緒に数百年埋められていた工芸品の中にモノリスの特性を書き記した情報があるらしく、その工芸品を展示していた博物館がユセフの集団によって襲われ工芸品は強奪された。フィッツはその工芸品を求めてモロッコまでやってきたのだった。
フィッツは隙をついてユセフから工芸品を奪い逃走する。
ボビーは例の女（ロザリンド）がDARPA（国防高等研究計画局）の人間であることを突き止める。
フィルとハンターは彼女を捕獲しに向かうが、逆に返り討ちにあい捕まってしまう。お互いの情報を事前に調べていたフィルとロザリンド、彼女はフィルが死んだことになっていたことも突き止めていた。
ロザリンドは確保した “インヒューマンズたちの死体” を話に持ち出し、「シールドがインヒューマズンを殺した」と思っている様子。それを聴いたフィルは「引っかけ問題か？」とロザリンドがシラを切っているのかと考える。
フィルとハンターはロザリンドの隙をついてシールドの兵器をつかって拘束から逃げ出す。
ジョーイが暴れ、説得に失敗したスカイはインヒューマンズであるリンカーンに説得の助力を求めようとする。
医者として働いていたリンカーンの元にスカイとマックがやってくる。
アフターライフから離脱したリンカーンは普通の生活に馴染もうとしているためスカイたちに協力することを拒む。マックはリンカーンに詰め寄り言うことを聞かせようとするが、リンカーンも能力を使うことをちらつかせ牽制する。
すると病院中の電気危機が誤作動をはじめる。リンカーンの能力のせいかと疑るスカイだが、リンカーンは「自分じゃない」という。
あわてて部屋の外に出ると病院に現れたのは、インヒューマンズを探す異形の生物だった。
リンカーンとスカイは自身の能力で、マックは銃でその生物と応戦。
するとその生物は壁に穴をを明けて逃げる。病院職員に能力のことを知られたリンカーンは已む無くスカイたちに協力せざる負えなくなり…。
謎の生物を見つけ応戦するが、謎の生物はスカイとリンカーンの能力に耐えてみせる。相手の足場を崩して一時何を逃れるが、そこに例のロザリンドの部隊がかけつける。リンカーンは「何もかもめちゃくちゃだ」と病院から逃げ出し、スカイとマックもシールドに帰還する。
政府はテリジェンを含む異星人からの恐怖を発表し、シールドも政府を裏切ったと公式に発表してしまう。
代わりにATCU（高度危機抑制部隊）を結成し事態打開の対策に当たらせるという。そのリーダーがロザリンドだったのだ。フィルは政府発表を行うその人、大統領こそがその糸を轢いているのだと確信するが。。。
ボビーの研究シミュレーションによれば１７ヶ月後にはテリジェンの成分が世界全土に蔓延すると予測。
シールドに帰還したフィッツはモノリスについての情報（工芸品）を持ち帰る。
フィルはフィッツが消えたシモンズの捜索にとりつかれていることを叱責する（モノリスに飲み込まれたことを信じていない様子）。フィッツも依然詳しいメカニズムについては解き明かせていない。
フィルはシモンズの家族に行方不明になっていることを伝える、と言い出す。シモンズ捜索よりも他のことにチカラを尽くせと諭す。それを聴いたフィッツは涙ながらに「わかりました」とつぶやく…。
やるせない想いが解消できないフィッツ。シモンズ消失以来だれも近づいていなかったモノリスの保管庫へやってくるフィッツ。厳重な保護をケースを開け、モノリスに「何かしてみろ」と叫ぶしかできなかった。。。
そのころシモンズはどこかの荒野らしき場所を走っていた。その光景は地球のどこかなのか、それとも…。
